Theo Báo cáo, từ năm 2002 đến nay, Bộ Giao thông Vận tải đã thu hút các nhà đầu tư triển khai thực hiện 75 dự án đầu tư kết cấu hạ tầng giao thông theo hình thức đối tác công tư (PPP), gồm 68 dự án BOT; 4 dự án BT; 1 dự án BOO và 2 dự án vừa BOT và BT với tổng mức đầu tư sau điều chỉnh là 233.705,5 tỷ đồng.

Đến thời điểm kiểm toán (tháng 3-2017), có 57 dự án hoàn thành đưa vào khai thác góp phần giải quyết tắc nghẽn, quá tải và từng bước hình thành hệ thống kết cấu hạ tầng kinh tế, xã hội, song vẫn còn nhiều tồn tại, hạn chế.

Ngoài ra, Bộ GTVT còn bổ sung 15 hạng mục (ngoài nội dung, phạm vi đầu tư ban đầu) của 8 dự án trị giá 17.483 tỷ đồng khi chưa có ý kiến thống nhất của Bộ Tài chính và UBND tỉnh; 74/75 dự án thực hiện theo hình thức chỉ định thầu, trong đó Bộ GTVT đã tham mưu trình Thủ tướng chấp thuận chỉ định thầu 22 dự án ngoài quy định, lựa chọn một số nhà đầu tư chưa đảm bảo năng lực (như nhà đầu tư dự án Quốc lộ 2 đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên; dự án Quốc lộ 10 đoạn La Uyên - Tân Đệ; dự án Tuyến tránh thành phố Thanh Hóa...).

Phương án tài chính nhiều thiếu sót

Vẫn theo Báo cáo nêu trên, việc kiểm toán chi tiết đối với 40 dự án còn cho thấy nhiều sai phạm khác, như đưa vào trong phương án tài chính một số nội dung chưa có quy định để tính thời gian hoàn vốn với các khoản tiền lên đến nhiều nghìn tỷ đồng. Có 1 dự án tính chi phí trích lập quỹ dự phòng duy tu bảo dưỡng 608,6 tỷ đồng, 5 dự án tính lợi nhuận trên vốn chủ sở hữu trong quá trình thi công 1.421,7 tỷ đồng, 15 dự án không tính hoàn thuế GTGT đối chi phí đầu tư 1.687,5 tỷ đồng, 9 dự án tính chi phí bảo toàn vốn trong thời gian khai thác 940,2 tỷ đồng) chưa phù hợp với ý kiến của Bộ Tài chính. 71/75 dự án đưa chi phí dự phòng 27.377,5 tỷ đồng vào phương án tài chính để tính thời gian thu phí hoàn vốn khi chưa xác định được nhiệm vụ chi và trong hợp đồng cũng không có điều khoản thỏa thuận liên quan đến việc quản lý, sử dụng kinh phí này khi phát sinh nhiệm vụ chi.

Việc lập phương án tài chính cũng được kết luận còn nhiều thiếu sót. Năm 2015, khi điều chỉnh phương án tài chính tuyến Tây Thanh Hóa, đoạn Km0-Km6 các bên xác định mức tăng trưởng lưu lượng xe hàng năm trong giai đoạn 2011-2015 trung bình 3,7%, thấp hơn thực tế 15,3%; dự án cầu Yên Lệnh tính thuế thu nhập doanh nghiệp 6% cho toàn bộ thời gian thực hiện hợp đồng mà không xác định theo quy định (10% và được miễn trong 4 năm đầu, giảm 50% trong 9 năm tiếp theo); năm 2012 dự án cầu Yên Lệnh ký phụ lục điều chỉnh hợp đồng đưa chi phí sửa chữa của năm 2012 vào năm 2005, dẫn đến phương án tài chính chưa chính xác.

Kiểm toán nhà nước đã kiến nghị giảm thời gian thu phí hoàn vốn của 40 dự án là 120 năm so với phương án tài chính ban đầu và giảm giá trị đầu tư 1.467,3 tỷ đồng. Năm 2016 trở về trước, Kiểm toán nhà nước đã kiến nghị giảm 107,4 năm của 27 dự án.

Vấn đề nghiệm thu, thanh toán được kết luận là còn sai sót; chất lượng thi công chưa đảm bảo...

Nhiều trạm thu phí chưa phù hợp

Về trạm thu phí, Kiểm toán Nhà nước cũng kết luận vị trí đặt một số trạm thu phí chưa phù hợp. Cụ thể, 31/87 trạm không đảm bảo khoảng cách tối thiểu giữa 2 trạm là 70 km và 6 trạm thực hiện thu phí hoàn vốn trước thời điểm dự án hoàn thành bàn giao đưa vào sử dụng.

Việc triển khai thu phí tự động không dừng còn chậm, mới có 33/87 trạm thu phí tự động không dừng kết hợp với thu phí 1 dừng vào hoạt động.

Ngoài ra còn 25/87 trạm thu phí chưa hoạt động, chưa có chủ trương thu phí tự động.

Dưới đây là danh sách cụ thể các trạm thu phí được coi là chưa phù hợp

1. Dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 2 đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên (Km7+800 - Km29+784);

2. Dự án Quốc lộ 1A đoạn tránh TP Thanh Hóa & bổ sung hạng mục đường vành đai phía Tây TP. Thanh Hóa (giai đoạn 1) đoạn Km0-Km6;

3. Dự án Quốc lộ 1A đoạn tránh thành phố Hà Tĩnh;

4. Dự án mở rộng Quốc lộ 1 đoạn từ Km672+600 - Km704+900 tỉnh Quảng Bình;

5. Dự án Quốc lộ 1 đoạn Hòa Cầm - Hòa Phước, Tứ Câu Vĩnh Điện;

6. Dự án mở rộng Quốc lộ 1 Đoạn Km947 - Km987, tỉnh Quảng Nam;

7. Dự án mở rộng Quốc lộ 1 các đoạn Km1525÷Km1551+400, Km1563÷Km1567+500, Km1573+350÷ Km1574+500, m1581+950÷ Km1584+550, Km1586÷Km1588+500, tỉnh Ninh Thuận;

8. Dự án mở rộng Quốc lộ 1A đoạn từ thành phố Đông Hà đến thị xã Quảng Trị; Dự án tuyến Quốc lộ 1 đoạn tránh thành phố Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai;

9. Dự án mở rộng Quốc lộ 1 đoạn Km368+400 (Nghi Sơn) ÷ Km402+330 (Cầu Giát), tỉnh Thanh Hóa và Nghệ An;

10. Dự án tuyến tránh Quốc lộ 1 và tăng cường mặt đường Quốc lộ 1 qua thị trấn Cai Lậy, tỉnh Tiền Giang;