Chính quyền cách mạng Yên Bái vừa mới ra đời đã phải đương đầu với biết bao khó khăn thử thách: nạn đói đe dọa; lũ lụt tàn phá; giặc ngoại xâm nhập, phản động nổi lên, trong đó nguy hiểm nhất là bọn Tưởng Giới Thạch. Theo bước chân quân đội Tưởng, bọn "Việt Nam Quốc dân đảng ở hải ngoại” từ Vân Nam cũng kéo về phối hợp với lực lượng của chúng từ Vĩnh Yên (Phú Thọ) kéo lên chống phá cách mạng.
Chúng còn lợi dụng uy tín của ông Nguyễn Thái Học, Nguyễn Khắc Nhu và các lãnh tụ Quốc dân đảng tiền bối để nêu chiêu bài yêu nước giả hiệu, lôi kéo người vào các tổ chức "Việt Nam quốc gia thanh niên đoàn”, "Việt Nam kỳ hào hội”, tập hợp bọn lưu manh, du đãng vào "Quốc dân quân”, "Ty Liêm phóng”, "Ty Hiến binh”, gây ra nhiều vụ bắt cóc, tống tiền, khủng bố các cơ sở.
Đặc biệt, chúng nổi lên cướp chính quyền ở thị xã Yên Bái và một số xã thuộc huyện Trấn Yên, Văn Bàn, Bảo Yên, lập chính quyền phản động do Vũ Hồng Khanh phụ trách. Giữa tháng 12 năm 1945, chúng còn bắt cóc đồng chí Nguyễn Phúc (Phó Chủ tịch UBND Cách mạng lâm thời Yên Bái) và 8 cán bộ khác; đón đường bắt cóc đồng chí Nguyễn Văn Chí (Ủy viên Ban Cảnh sát tỉnh) và thủ tiêu cả hai đồng chí Nguyễn Phúc và Nguyễn Văn Chí.
Theo Hiệp ước Hoa - Pháp thì quân Tưởng phải rút và nhường cho quân Pháp vào Đông Dương. Bởi vậy, bọn Việt Nam Quốc dân đảng phản động càng điên cuồng chống phá cách mạng, khủng bố những người yêu nước ở Yên Bái.
Để giữ vững và củng cố chính quyền dân chủ nhân dân, ngày 5-9-1945, Chủ tịch Chính phủ lâm thời nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa Hồ Chí Minh đã ban hành Sắc lệnh số 8/SL, tuyên bố giải tán các đảng phái phản động. Ngày 12-9-1945, Chính phủ lâm thời nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa ra tiếp Sắc lệnh số 30/SL giải tán "Việt Nam hưng quốc thanh niên” và "Việt Nam ái quốc thanh niên”. Cả hai sắc lệnh trên đã đặt các đảng phái phản động ra ngoài vòng pháp luật, là cơ sở pháp lý cho việc trấn áp phản cách mạng, bảo vệ chính quyền dân chủ nhân dân.
Trước âm mưu, thủ đoạn của quân Tưởng và những hoạt động của bọn "Việt Nam Quốc dân đảng”, Tỉnh ủy Yên Bái đã quán triệt Chỉ thị của Trung ương "Kháng chiến kiến quốc”. Lúc này, chính quyền tỉnh Yên Bái đã tập trung củng cố chính quyền nhân dân các cấp, chuẩn bị về mọi mặt để đối phó với quân xâm lược Pháp, diệt trừ bọn phản động, bảo vệ thành quả của cách mạng và chính quyền dân chủ nhân dân.
Đối với bọn Việt Nam Quốc dân đảng, Tỉnh ủy chỉ đạo lực lượng quân sự và trinh sát Liêm phóng đẩy mạnh công tác vận động quần chúng, lên án bản chất lưu manh côn đồ của chúng, đồng thời tăng cường bao vây, tiêu diệt những tên tay sai có nhiều nợ máu với nhân dân.
Đặc biệt, vào giữa năm 1946, khi vụ án Ôn Như Hầu ở Hà Nội được đưa ra ánh sáng, Trung ương Đảng và Chính phủ đã ra lệnh cho các lực lượng vũ trang và công an bắt, trừng trị bọn đầu sỏ Quốc dân đảng phản động. Chấp hành chỉ thị của Trung ương, Xứ ủy Bắc Kỳ giao cho đồng chí Bùi Quang Tạo (Xứ ủy viên phụ trách liên tỉnh Phú Thọ -Yên Bái - Lào Cai) và đồng chí Bằng Giang (Tư lệnh Quân khu I) chỉ đạo cuộc đấu tranh trấn áp bọn Quốc dân đảng.
Lúc này, mặc dù lực lượng còn rất mỏng, các tổ trinh sát thuộc Ty Liêm phóng đã làm tốt công tác điều tra, nắm tình hình ở thị xã Yên Bái và các vùng bị Quốc dân đảng chiếm đóng. Đại diện chính quyền tỉnh đã kiên quyết đấu tranh với quân Tưởng, buộc chúng không đưa quân ra khỏi khu vực hành lang đường sắt (5km), thả các cán bộ của ta bị chúng giam giữ.
Các tổ trinh sát còn phối hợp với lực lượng vũ trang, đánh bại lực lượng của bọn Quốc dân đảng khi chúng vào cướp kho vũ khí của ta ở chiến khu Vần - Hiền Lương; phục kích tiêu diệt lực lượng của Quốc dân đảng ở đèo Ách, Tú Lệ, suối Nậm Ngoa, Ba Khe; chặn đánh số từ Văn Bàn, Than Uyên kéo về Mỵ (Văn Chấn), buộc chúng phải tháo chạy về Lào Cai.
Đặc biệt, lực lượng trinh sát của Ty Liêm phóng còn làm tốt công tác bảo vệ nội bộ, chống nội gián, đã phát hiện hai tên phản bội trong Đội du kích và tự vệ Âu Cơ; phát hiện và ngăn chặn âm mưu của chúng cướp phá nhà giam ở Lục Yên; phục bắt tên tỉnh trưởng Quốc dân đảng ở Phú Thọ lên Yên Bái hoạt động; tham mưu cho Ủy ban Cách mạng tổ chức "Hội nghị hào lý” để tăng cường khối đại đoàn kết dân tộc, củng cố chính quyền dân chủ nhân dân ở cơ sở.
Thực hiện Sắc lệnh số 23/SL của Chủ tịch Hồ Chí Minh và Nghị định số 121 của Chính phủ, ngày 16-8-1946, Ty Liêm phóng và Ty Cảnh sát Yên Bái hợp nhất thành Ty Công an tỉnh Yên Bái, do đồng chí Phạm Ngọc Khôi (tức Phan Đạo Xích) làm Trưởng ty Công an tỉnh Yên Bái.
Từ nhân dân mà ra, những người từ ngày đầu làm nhiệm vụ bảo vệ Đảng, bảo vệ chính quyền cách mạng ở khu căn cứ Vần - Hiền Lương nay đã chính thức thành một tổ chức trong hệ thống chính quyền dân chủ nhân dân.
Từ đây, Công an tỉnh Yên Bái được Đảng quan tâm lãnh đạo, được nhân dân các dân tộc hết lòng thương yêu giúp đỡ, cùng toàn Đảng, toàn quân, toàn dân viết nên trang sử vàng chói lọi trong sự nghiệp bảo vệ an ninh Tổ quốc. Phát huy truyền thống vẻ vang, lớp lớp thế hệ cán bộ, chiến sỹ Công an Yên Bái "Tuyệt đối trung thành với Chính phủ” ra sức rèn luyện, phấn đấu, luôn giữ vững an ninh trật tự, đấu tranh ngăn chặn và đẩy lùi mọi loại tội phạm, bảo vệ Đảng, bảo vệ chính quyền và hạnh phúc của nhân dân.
Lê Phiên