Cùng bị truy tố với bị can Lê Quang Thung trong vụ án này còn có 4 bị can khác, gồm: Nguyễn Thành Châu (sinh năm 1948, nguyên Tổng Giám đốc, nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên Công ty TNHH MTV Tổng Công ty Cao su Đồng Nai); Nguyễn Hồng Phú (sinh năm 1954, nguyên Giám đốc, nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên Công ty TNHH MTV Cao su Phú Riềng, nguyên Phó Tổng Giám đốc Tập đoàn Công nghiệp Cao su Việt Nam); Nguyễn Văn Minh (sinh năm 1955, nguyên Kế toán trưởng Công ty TNHH MTV Tổng Công ty Cao su Đồng Nai) và Hoàng Văn Sơn (sinh năm 1966, Kế toán trưởng Công ty TNHH MTV Cao su Phú Riềng) bị Viện Kiểm sát nhân dân tối cao truy tố về cùng tội danh "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”.

Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, trong thời gian từ năm 2007 đến năm 2008, Tập đoàn Công nghiệp Cao su Việt Nam không có chủ trương thành lập, góp vốn vào Công ty cổ phần chế biến và xuất khẩu thủy sản Đồng Tháp (gọi tắt là Công ty thủy sản Đồng Tháp), tuy nhiên Lê Quang Thung đã đứng ra tổ chức thành lập Công ty thủy sản Đồng Tháp, không phải là ngành nghề kinh doanh chính của Tập đoàn Công nghiệp Cao su Việt Nam.

Sau khi thành lập, lợi dụng chức vụ là Tổng Giám đốc, Lê Quang Thung đã chỉ đạo lãnh đạo nhiều đơn vị thuộc tập đoàn, trong đó có: Nguyễn Thành Châu (lúc đó là Giám đốc Công ty Cao su Đồng Nai) và Nguyễn Hồng Phú (lúc đó là Giám đốc Công ty Cao su Phú Riềng) sử dụng quỹ phúc lợi của công ty góp vốn vào Công ty thủy sản Đồng Tháp trái quy định.

Sau đó, Nguyễn Thành Châu đã quyết định và chỉ đạo Nguyễn Văn Minh (lúc đó là Kế toán trưởng Công ty Cao su Đồng Nai) thực hiện việc góp vốn vào Công ty thủy sản Đồng Tháp 22,4 tỷ đồng bằng nguồn quỹ phúc lợi.

Nguyễn Hồng Phú đã quyết định và chỉ đạo Hoàng Văn Sơn (Kế toán trưởng Công ty cao su Phú Riềng) thực hiện việc góp vốn vào Công ty thủy sản Đồng Tháp 20,8 tỷ đồng bằng nguồn quỹ phúc lợi. 

Viện Kiểm sát nhân dân tối cao kết luận, hành vi của Lê Quang Thung đã vi phạm Điều 13, Mục 2, điểm d, Luật Doanh nghiệp năm 2005. Đồng thời, hành vi của Lê Quang Thung và Nguyễn Thành Châu, Nguyễn Hồng Phú, Nguyễn Văn Minh, Hoàng Văn Sơn đã vi phạm Điều 8, khoản 4 - Quy chế Quản lý tài chính của công ty Nhà nước và quản lý vốn Nhà nước đầu tư vào doanh nghiệp khác (ban hành kèm theo Nghị định số 199 ngày 3/12/2004 của Chính phủ) và vi phạm Điều 3 - Quy định về việc phân cấp quyết định đầu tư các dự án đầu tư, góp vốn đầu tư vào doanh nghiệp khác… ban hành kèm theo Quyết định số 222 ngày 23/2/2007 của Hội đồng quản trị Tổng Công ty Cao su Việt Nam. Hành vi này đã dẫn đến hậu quả Công ty Cao su Đồng Nai và Công ty Cao su Phú Riềng không thu hồi được số tiền góp vốn, gây thiệt hại cho Nhà nước 43,2 tỷ đồng. 

Phân tích về vai trò của từng bị can trong vụ án, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao nhận định, Lê Quang Thung đóng vai trò chủ mưu, trực tiếp chỉ đạo việc góp vốn trái quy định. Nguyễn Thành Châu và Nguyễn Hồng  Phú quyết định sử dụng quỹ phúc lợi thực hiện việc góp vốn trái quy định theo chỉ đạo của Lê Quang Thung, nên có vai trò là người thực hiện tích cực. Nguyễn Văn Minh và Hoàng Văn Sơn trực tiếp thực hiện việc chuyển tiền từ nguồn quỹ phúc lợi để góp vốn theo chỉ đạo của Nguyễn Thành Châu, Nguyễn Hồng Phú nên có vai trò giúp sức cho Nguyễn Thành Châu, Nguyễn Hồng Phú trong vụ án.