Một trong những nội dung chính Hội đồng xét xử yêu cầu Viện kiểm sát điều tra bổ sung là liên quan đến số tiền 6.126 tỷ đồng. Theo đó, đại diện Viện kiểm sát đã đề nghị thu hồi số tiền này từ 3 ngân hàng: Sacombank, BIDV, TPBank để trả lại cho Ngân hàng VNCB vì cho rằng số tiền này là vật chứng của vụ án cần thu hồi để khắc phục hậu quả. Tuy nhiên, bị cáo Phạm Công Danh cho rằng trong khoản tiền hơn 6.000 tỷ đồng có 4.500 tỷ đồng vay từ BIDV và TPBank đã được chuyển về Ngân hàng Xây dựng để nâng vốn điều lệ.

Ngoài ra, Hội đồng xét xử còn đề nghị xem xét làm rõ việc các bị cáo phản bác lại cáo buộc của Viện kiểm sát nhân dân khi được cho là đồng phạm với bị cáo Phạm Công Danh. Đơn cử như trường hợp ông Trầm Bê, ông Phan Huy Khang cho rằng, việc cho ông Danh vay tiền là đúng theo quy định pháp luật.