Vụ tai nạn xảy ra vào khoảng 11h ngày 15/6, tại Km172+356 thuộc đường ngang đoạn chạy qua đường Nguyễn Chí Thanh, phường Đông Thọ (TP Thanh Hóa, tỉnh Thanh Hóa) khi tàu SE11 đang lưu thông theo hướng Bắc - Nam, 2 người chở nhau bằng xe máy đã cố vượt đường ray (đoạn đường ngang này không có rào chắn và nhân viên gác ghi).

Mặc dù lái tàu đã phanh gấp nhưng do khoảng cách quá gần, tàu đã húc văng 2 người trên xe máy sang bên đường. Cú va chạm quá mạnh khiến cả 2 người này tử vong tại chỗ.

Sau khi xảy ra sự việc, lái tàu SE11 là anh Nguyễn Văn Hưng (thuộc Xí nghiệp đầu máy Hà Nội) đã làm báo cáo bằng văn bản về vụ việc, đồng thời báo cáo trưởng tàu và cơ quan cấp trên để xử lý.