Tổ chức Bảo tồn động thực vật quốc tế (FFI) đã thống kê được ở đây có 788 loài thực vật bậc cao, trong đó có 33 loài thuộc diện quý hiếm được ghi vào Sách đỏ Việt Nam và thế giới; động vật có 241 loài, trong đó có 54 loài thú, 132 loài chim, 26 loài bò sát, 26 loài lưỡng thể, đáng chú ý có 42 loài quí hiếm cho Việt Nam và 28 loài ở mức độ bị đe dọa toàn cầu, đặc biệt là 4 loài: niệc cổ hung, gà lôi tía, vượn đen, voọc xám. 

Thời gian qua, Ban Quản lý KBT loài và sinh cảnh Mù Cang Chải đã ký hợp đồng với các nhóm hộ, hộ nhận khoán bảo vệ rừng; phối hợp với chính quyền địa phương thường xuyên tuyên truyền các văn bản có liên quan đến công tác bảo vệ rừng, phòng cháy chữa cháy rừng, bảo tồn thiên nhiên đa dạng sinh học… với nhiều hình thức khác nhau đến các thôn, bản và đến người dân sống trong KBT. 

Ban Quản lý KBT tổ chức 2 lớp tuyên truyền pháp luật về bảo vệ và phát triển rừng, bảo tồn đa dạng sinh học, Luật Lâm nghiệp; 38 buổi tuyên truyền với gần 4.000 lượt người tham gia và ký cam kết bảo vệ rừng, PCCCR tại 38 bản của 5 xã vùng bảo tồn. Từ đó, người dân đã hiểu được vai trò và ý nghĩa của công tác quản lý bảo vệ rừng nói chung và bảo tồn đa dạng sinh học nói riêng. 

Bên cạnh đó, Ban Quản lý KBT phối hợp với Hạt Kiểm lâm huyện Mù Cang Chải, UBND các xã trong khu bảo tồn, các tổ bảo vệ rừng, các nhóm nhận khoán bảo vệ rừng thường xuyên tuần tra, kiểm tra toàn bộ diện tích rừng tự nhiên trong phạm vi quản lý của khu bảo tồn. Đặc biệt, từ khi thực hiện chính sách chi trả dịch vụ môi trường rừng đã góp phần nâng cao thu nhập của người dân, góp phần giảm áp lực vào khu bảo tồn. Tính riêng năm 2018, các hộ nhận khoán thuộc 5 xã của KBT đã được nhận số tiền trên 12 tỷ đồng.

Bên cạnh những kết quả đã đạt được, KBT loài và sinh cảnh Mù Cang Chải vẫn còn những khó khăn nhất định, đó là áp lực về dân số ở vùng đệm thiên nhiên tăng nhanh, đòi hỏi về nhu cầu đất ở, đất sản xuất và khai thác lâm sản phục vụ cuộc sống; trình độ dân trí còn thấp, nhận thức về tầm quan trọng của rừng trong cộng đồng chưa cao nên vẫn tiếp tục phá rừng, tiếp tay làm thuê cho đầu nậu... 

Lực lượng kiểm lâm thực hiện nhiệm vụ trong Khu bảo tồn còn mỏng, địa bàn hoạt động rộng, trang thiết bị phương tiện còn thiếu; việc đầu tư cho KBT còn hạn chế, thiếu các dự án phát triển vùng đệm, đặc biệt là các hoạt động của Ban Quản lý và nghiên cứu khoa học gần như không có... 

Ông Dương Anh Tuấn - Hạt trưởng Hạt Kiểm lâm Mù Cang Chải, Phó Giám đốc Ban Quản lý KBT cho biết : "Thời gian tới, Ban Quản lý KBT tiếp tục tăng cường công tác tuyên truyền nâng cao nhận thức của người dân trong công tác quản lý và bảo vệ rừng, PCCCR; tăng cường tuần tra, kiểm tra để kịp thời phát hiện và xử lý nghiêm các hành vi vi phạm luật bảo vệ và phát triển rừng; thực hiện tốt chính sách chi trả môi trường rừng cho người dân sinh sống trong và xung quanh khu bảo tồn để thu hút, khuyến khích sự tham gia của cộng đồng trong hoạt động bảo vệ rừng. Bên cạnh đó, các cấp chính quyền, các ngành cần quan tâm đầu tư xây dựng các chương trình, dự án phát triển kinh tế xã hội, cải thiện sinh kế cho người dân đang sinh sống trong và xung quanh KBT.