Về nguyên tắc sử dụng thức ăn có bổ sung chế phẩm vi sinh: chế phẩm vi sinh bao gồm chế phẩm probiotic (lợi khuẩn) và enzyme. Khi bổ sung chế phẩm vi sinh là probiotic thì không nên dùng kháng sinh vì kháng sinh làm mất tác dụng của vi sinh vật và giảm hiệu quả sử dụng thức ăn. Cơ sở chăn nuôi có thể tự trộn thức ăn tại trại hoặc sử dụng thức ăn công nghiệp mua từ cơ sở sản xuất có uy tín, bảo đảm chất lượng và có thể truy xuất nguồn gốc. Các biện pháp an toàn sinh học phải luôn bảo đảm theo quy trình hướng dẫn của cơ quan chuyên môn hoặc nhà cung cấp sản phẩm. 

Về hướng dẫn sử dụng thức ăn có bổ sung chế phẩm vi sinh: giai đoạn 1 (lợn có khối lượng dưới 20 kg), cơ sở chăn nuôi nên sử dụng TA công nghiệp mua từ những cơ sở sản xuất có uy tín, bảo đảm chất lượng, an toàn và bổ sung theo hướng dẫn của nhà sản xuất; giai đoạn 2 (lợn có khối lượng từ 20 kg trở lên), có thể sử dụng thức ăn hỗn hợp hoàn chỉnh hoặc thức ăn tự phối trộn. 

Thức ăn tự phối trộn từ những nguyên liệu thông dụng, sẵn có tại địa phương, không nên sử dụng nguyên liệu thức ăn có nguồn gốc động vật (ngoại trừ bột cá). 

Trước khi chế biến, cơ sở cần lập công thức thức ăn (khẩu phần cơ sở) theo từng giai đoạn sinh trưởng bảo đảm đáp ứng nhu cầu dinh dưỡng cho lợn. Có 3 bước tự sản xuất thức ăn chăn nuôi (khẩu phần cơ sở) và sử dụng chế phẩm vi sinh trong thức ăn chăn nuôi tại cơ sở chăn nuôi. 

Bước 1: Lựa chọn nguyên liệu thức ăn trước khi sản xuất cần bảo đảm chất lượng, nguồn gốc xuất xứ rõ ràng; nguyên liệu phải mới, khô, không bị mốc; không mua quá nhiều nguyên liệu để dự trữ tại cơ sở chăn nuôi; nguyên liệu bảo quản ở nơi khô ráo, cách xa chuồng nuôi; kiểm tra chất lượng nguyên liệu theo định kỳ. 

Bước 2: Phối trộn thức ăn tùy theo loại nguyên liệu thức ăn sử dụng, cơ sở lập công thức thức ăn theo nhu cầu dinh dưỡng của vật nuôi theo các giai đoạn sinh trưởng và phát triển phù hợp hoặc từ khi bắt đầu cho ăn thức ăn có bổ sung chế phẩm vi sinh đến khi xuất chuồng. 

Bước 3: Sử dụng chế phẩm vi sinh trong khẩu phần cơ sở tùy theo khuyến cáo của nhà sản xuất để có thể áp dụng quy trình ủ thức ăn trước khi cho ăn hoặc cho ăn trực tiếp. 

Một số lưu ý là cơ sở chăn nuôi có thể lập khẩu phần thức ăn theo điều kiện của cơ sở và nguồn thức ăn sẵn có tại địa phương. Trường hợp không tự phối trộn thức ăn thì có thể sử dụng thức ăn công nghiệp bảo đảm nguyên tắc không có kháng sinh, chất lượng tốt và truy xuất được nguồn gốc. Chế phẩm vi sinh chỉ phát huy tác dụng khi được sử dụng đúng yêu cầu kỹ thuật của nhà sản xuất. 

Các cơ sở chăn nuôi cũng có thể tìm mua các sản phẩm vi sinh khác được phép lưu hành tại Việt Nam, bảo đảm chất lượng và có nguồn gốc rõ ràng. Chế phẩm vi sinh ngoài bổ sung vào thức ăn còn có thể sử dụng bổ sung vào nước uống, đệm lót và phun trong không khí chuồng nuôi khi có dịch bệnh theo khuyến cáo của nhà sản xuất.