Giai đoạn 1990 - 2000, nguồn kinh phí sự nghiệp khoa học còn hạn chế, bình quân mỗi năm từ 400 đến 700 triệu đồng, nhưng ngành KHCN đã triển khai được 120 đề tài, dự án. Hoạt động này đã thổi bùng ngọn lửa ứng dụng các thành tựu, tiến bộ KHCN trong hoat động kinh tế của tỉnh, nâng cao nhận thức của đồng bào các dân tộc về ứng dụng KHCN vào sản xuất. 

Trung tâm Ứng dụng tiến bộ KHCN (nay là Trung tâm Ứng dụng, Kỹ thuật, Thông tin KHCN) cũng được thành lập trở thành cầu nối chuyển giao kết quả các tiến bộ KHCN đến với người dân trong tỉnh. 

Giai đoạn 2001 - 2010, các đề tài, dự án tập trung nghiên cứu đẩy mạnh chuyển dịch cơ cấu sản xuất nông nghiệp, tăng cường đầu tư thâm canh, đưa các giống cây trồng, vật nuôi có chất lượng và năng suất cao vào sản xuất; đẩy mạnh việc áp dụng các biện pháp bảo vệ, khoanh nuôi tái sinh rừng kết hợp trồng rừng phủ xanh đất trống đồi trọc với cơ cấu cây lâm nghiệp hợp lý, coi trọng các loại cây bản địa, các mô hình nông - lâm kết hợp. 

Đến giai đoạn 2011-2020, ngành KHCN đã bám sát các yêu cầu và giải quyết được các vấn đề đặt ra trong thực tiễn, góp phần tạo động lực thúc đẩy chuyển dịch cơ cấu kinh tế, phát triển sản xuất, thực hiện thắng lợi mục tiêu kinh tế - xã hội của tỉnh. Hoạt động nghiên cứu triển khai, ứng dụng KHCN được hướng mạnh về cơ sở, nhất là vùng nông nghiệp, nông dân và nông thôn, phục vụ cho sự phát triển kinh tế - xã hội của địa phương từ tỉnh đến cơ sở. 

Việc nghiên cứu triển khai, ứng dụng KHCN đã góp phần vào việc nâng cao năng suất, chất lượng một số giống cây trồng, vật nuôi, thúc đẩy chuyển dịch cơ cấu kinh tế theo hướng công nghiệp hóa, hiện đại hóa. Giai đoạn này, tỉnh đã triển khai 465 đề tài, dự án khoa học cấp tỉnh và mô hình ứng dụng tiến bộ kỹ thuật trên nhiều lĩnh vực, trong đó nhiều đề tài, dự án có tính khả thi, được áp dụng rộng rãi và mang lại hiệu quả kinh tế - xã hội lâu dài như: Xây dựng mô hình ứng dụng công nghệ sản xuất nấm hàng hóa tại tỉnh Yên Bái; Ứng dụng KH&CN xây dựng mô hình sản xuất lúa tăng vụ bền vững góp phần đảm bảo an ninh lương thực tại huyện vùng cao Mù Cang Chải; Nghiên cứu cải tạo đàn trâu bằng phương pháp thụ tinh nhân tạo tại các huyện Yên Bình, Trấn Yên, Văn Chấn và thành phố Yên Bái... 

Kết quả của các đề tài, dự án đã mang lại hiệu quả thiết thực, "tiếp sức” cho chương trình xây dựng nông thôn mới ở địa phương. Đó còn là giải pháp giải quyết được các vấn đề về nâng cao hiệu quả sản xuất, phát triển canh tác nông, lâm nghiệp kết hợp, thu hút lao động nông nhàn và tăng thu nhập, thay đổi nhận thức về áp dụng KHCN trong sản xuất, góp phần chuyển đổi cơ cấu cây trồng, duy trì phát triển bảo tồn nguồn giống đặc sản, tạo thành vùng sản xuất hàng hóa. 

Đặc biệt, với mục tiêu tăng sức cạnh tranh cho các sản phẩm nông nghiệp trên thị trường, ngành KHCN đã đẩy mạnh việc xác lập sở hữu trí tuệ thông qua các nhiệm vụ khoa học. Nhờ đó, đến nay, toàn tỉnh đã có 23 sản phẩm nông nghiệp đã được bảo hộ sở hữu trí tuệ, trong đó: 7 sản phẩm Chỉ dẫn địa lý, 8 sản phẩm Nhãn hiệu chứng nhận, 8 sản phẩm Nhãn hiệu tập thể. 

Có thể khẳng định, một nền nông nghiệp phát triển luôn dựa trên nền KHCN tiên tiến và ngược lại, nông nghiệp phát triển sẽ tạo điều kiện cho KHCN phát triển. Cùng với các ngành khác, những đóng góp của ngành KHCN đã, đang và sẽ tiếp tục hiện thực hóa mục tiêu đưa Yên Bái từ một tỉnh nghèo trở thành tỉnh phát triển khá vào năm 2025 và nằm trong nhóm các tỉnh phát triển hàng đầu trong khu vực trung du và miền núi phía Bắc vào năm 2030.