Tuy nhiên trong sự phát triển khá nhanh về kinh tế- xã hội đã kéo theo những tệ nạn như: nghiện hút, tiêm chích ma tuý, mại dâm... đó là nguyên nhân chủ yếu để căn bệnh thế kỷ (HIV/AIDS ) xâm nhập vào địa bàn huyện. Bác sĩ Lê Đình Tiến - Phó giám đốc Trung tâm y tế dự phòng huyện cho biết: Để thực hiện công tác phòng chống HIV/AIDS, Ban chỉ đạo phòng chống AIDS huyện đã triển khai Pháp lệnh phòng chóng AIDS tới các cơ quan, ban ngành, đoàn thể, trường học, các tổ chức chính trị xã hội; Bệnh viện huyện, Trung tâm y tế dự phòng huyện và các ban chỉ đạo phòng chống HIV/AIDS ở 27 xã, thị trấn trong huyện.

Hàng năm Trung tâm y tế dự phòng huyện đã chủ động tham mưu cho ỰBND huyện củng cố Ban chỉ đạo phòng chống HIV/AIDS của huyện và xây dựng kế hoạch phòng chống HIV/AIDS cụ thể cho từng năm với mục tiêu khống chế tỷ lệ nhiễm HIV/AIDS trong cộng đồng; hạn chế tốc độ lây lan HIV/AIDS trong cộng đồng và giảm ảnh hưởng của đại dịch HIV/ AIDS đối với sự phát triển kinh tế- xã hội trong toàn huyện.

Cùng với công tác tham mưu thực hiện công tác tổ chức chỉ đạo phòng chống HIV/AIDS trên địa bàn, Trung tâm y tế dự phòng huyện đã chỉ đạo các trạm y tế xã tổ chức các hình thức tuyên truyền phòng chống HIV/AIDS trên hệ thống đài truyền thanh xã; tuyên truyền trực tiếp tại các hội nghị, các cuộc họp đoàn thể, họp dân và trực tiếp tư vấn cho đối tượng đến khám và điều trị tại trạm y tế. Phát bao cao su cho các đối tượng có nguy cơ cao như: nghiện chích ma tuý, lái xe đường dài, nhân viên phục vụ trong các nhà hàng...  nhằm nâng cao nhận thức hiểu biết về HIV/AIDS cho nhân dân để biết cách phòng chống đại dịch AIDS.

Trong năm 2006, huyện đã tổ chức được 208 buổi tuyên truyền trực tiếp cho trên 15.693 lượt người nghe, trong đó tư vấn cho 526 phụ nữ có thai, 138 lượt đối tượng nghiện hút và 674 đối tượng khác. Đặc biệt trong tháng 12, Trung tâm y tế dự phòng huyện đã phối hợp với Tổ chức Tầm nhìn thế giới tại huyện, tổ chức truyền thông trực tiếp tại 7 xã và 3 trường THPT với chủ đề: “ Nâng cao nhận thức về phòng chống và tránh kỳ thị với người nhiễm HIV/AIDS.

Trong đợt truyền thông này, Trung tâm và Tổ chức Tầm nhìn thế giới tại huyện đã mời một thành viên tích cực trong nhóm “bạn giúp bạn” cùng tham gia để giúp người dân hiểu rõ hơn các đường lây truyền HIV/AIDS, biện pháp phòng chống, cùng nhau chia sẻ với người nhiễm HIV/AIDS, thay đổi hành vi có hại lây nhiễm HIV/AIDS trong cộng đồng.

Mặc dù công tác phòng chống HIV/AIDS ở Văn Yên được triển khai khá đồng bộ trên địa bàn huyện với nhiều hình thức, song tỷ lệ người bị nhiễm HIV/AIDS trên địa bàn huyện vẫn tăng khá nhanh. Nếu như năm 2000, trên địa bàn huyện mới có 1 trường hợp ở thị trấn Mậu A bị nhiễm HIV/AIDS, thì đến hết năm 2006, đã có 106 người ở 16/27 xã, thị trấn trong huyện gồm: thị trấn Mậu A, xã Ngòi A, An Thịnh, Quế Thượng, Mậu Đông, Lang Thíp, An Bình, Xuân Tầm, Quang Minh, Đông Cuông, Hoàng Thắng...  đã có người bị nhiễm căn bệnh thế kỷ này. Trong đó đã có 4 đối tượng bị chết vì AIDS (đều ở thị trấn Mậu A). Điều đáng lo ngại là các đối tượng bị nhiễm HIV/AIDS đều còn khá trẻ, chủ yếu là nam giới từ 17- 45 tuổi đều là lao động chính trong mỗi gia đình và xã hội. Nguyên nhân mà 106 đối tượng trong huyện bị nhiễm HIV/AIDS chủ yếu là do tiêm chích ma tuý lây nhiễm. Trên thực tế số người bị nhiễm HIV/AIDS ở Văn Yên có thể còn gấp nhiều lần, nhưng chưa được phát hiện để có biện pháp tư vấn, hỗ trợ nhằm hạn chế tốc độ lây nhiễm trong cộng đồng. 

Hiện nay công tác phòng chống AIDS ở Văn Yên là rất khó khăn bởi số người nghiện hút, tiêm chích ma tuý khá nhiều, mặt khác còn một bộ phận cán bộ và nhân dân chưa nhận thức đầy đủ về phòng chống HIV/AIDS; chưa thực sự quan tâm đến công tác này hoặc còn cho đây là việc của ngành y tế.  Trong khi kinh phí dành cho phòng chống HIV/AIDS còn hạn hẹp, phương tiện truyền thông thiếu; đội ngũ cộng tác viên còn mỏng, toàn huyện duy nhất chỉ có thị trấn Mậu A là có 5 cộng tác viên làm công tác này. Chưa kể một số đối tượng nhiễm HIV/AIDS trên địa bàn huyện thường xuyên thay đổi địa chỉ, hoặc không khai đúng tên địa chỉ... nên công tác quản lý các đối tượng bị nhiễm HIV/AIDS và phòng chống HIV/AIDS trên địa bàn huyện đang gặp rất nhiều khó khăn.

Minh Hằng