Bộ Tài chính vừa ban hành Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 (TT 65) sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT), hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 và Nghị định số 121/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ. Theo đó, Luật thuế GTGT có một số thay đổi sau:

*Thuế GTGT chưa khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế

Theo đó, từ ngày 1/7/2013, cơ sở kinh doanh (KD) đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở KD phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh (SXKD) đang thực hiện.

Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động SXKD và dự án đầu tư dưới 200 triệu đồng và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở KD được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.

Trường hợp cơ sở KD đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký KD, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Cơ sở KD phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT).

Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp (DN) mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký KD, đăng ký nộp thuế, cơ sở KD là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho DN mới thành lập để DN mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Cơ sở KD trong tháng vừa có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hóa, dịch vụ bán trong nước, nếu có số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên (thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng bao gồm: thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động xuất khẩu, phục vụ hoạt động KD trong nước chịu thuế và thuế GTGT chưa khấu trừ hết từ tháng trước chuyển sang) nhưng sau khi bù trừ với số thuế GTGT đầu ra của hàng hóa, dịch vụ bán trong nước và phân bổ theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trong kỳ với tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế của cơ sở KD trong kỳ, nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa dịch vụ xuất khẩu đã tính phân bổ như trên chưa được khấu trừ nhỏ hơn 200 triệu đồng thì không được xét hoàn thuế theo tháng, nếu số thuế từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế theo tháng.

*Xử lý các khoản thuế GTGT của các dịch vụ

TT 65 có hiệu lực từ ngày 01/7/2013. Tuy nhiên, các quy định sửa đổi tại Thông tư sẽ có hiệu lực áp dụng cho tất cả các dịch vụ phát sinh từ ngày 1/3/2012.

Theo đó, trường hợp từ ngày 01/3/2012 bên cho thuê xưởng đã lập hóa đơn, tính thuế GTGT khi cho doanh nghiệp chế xuất thuê xưởng thì các bên lập hóa đơn GTGT điều chỉnh lại hóa đơn đã lập với mức thuế suất thuế GTGT là 0%.

Trường hợp từ ngày 01/3/2012 cơ sở KD không phải là tổ chức tín dụng đã lập hóa đơn, tính thuế GTGT đối với khoản lãi cho tổ chức, cá nhân khác vay vốn thì các bên lập hóa đơn điều chỉnh và thực hiện điều chỉnh lại khoản lãi tiền vay về đối tượng không chịu thuế GTGT. Trường hợp các bên không thực hiện điều chỉnh hóa đơn đã lập, nếu tổ chức vay vốn sử dụng vốn vay phục vụ hoạt động KD chịu thuế GTGT thì được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định căn cứ hóa đơn của bên cho vay.

Nếu hợp đồng cung cấp dịch vụ số hóa cho phía nước ngoài được ký kết trước ngày TT 65 có hiệu lực thi hành thì thuế GTGT tiếp tục thực hiện như hướng dẫn tại văn bản quy phạm pháp luật tương ứng tại thời điểm ký kết hợp đồng. Nếu hợp đồng cung cấp dịch vụ số hóa cho phía nước ngoài được ký kết từ ngày 01/3/2012 thuộc đối tượng chịu thuế GTGT nay thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 0% theo quy định tại TT 65 thì áp dụng theo quy định tại TT 65 kể từ ngày 01/3/2012.

Các nội dung không hướng dẫn tại TT 65 và các nội dung không trái với nội dung hướng dẫn tại TT 65 được thực hiện theo quy định tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính.

Diệu Linh