Các hạng mục được tu bổ, tôn tạo gồm nhà Tổ, nhà Khánh, bậc cấp sân trước tiền đường và nhà Thiêu hương Thượng điện với tổng mức đầu tư trên 14,6 tỷ đồng.

Các hạng mục trên đều được thi công đúng thiết kế, theo đúng quy định của quy chế tu bổ, phục hồi di tích. Quan trọng nhất, các hạng mục được tu bổ gần sát với nguyên gốc. Một số cấu kiện cũ có giá trị của nhà Khánh được lắp đặt đúng vị trí ban đầu.

Trong suốt quá trình tu bổ, Sở Văn hóa Thể thao và Du lịch Hà Nội đã tổ chức nhiều cuộc hội thảo giữa các nhà khoa học, địa phương, nhà chùa, các nhà thiết kế, thi công tu bổ nhằm đưa lại kết quả tốt nhất cho công tác tu bổ và phục dựng.

Công trình tu bổ, tôn tạo do Trung tâm kỹ thuật công nghệ Bảo tồn di tích (Viện Di tích) thi công, Công ty Cổ phần xây dựng và phục chế công trình Văn hóa giám sát.

Đơn vị thi công đã khẩn trương tập trung nguyên vật liệu, nhân lực triển khai để đảm bảo tiến độ, đảm bảo thi công đúng thiết kế, đảm bảo kỹ thuật, quy phạm và quy định của quy chế bảo quản tu bổ, phục hồi di tích.

Cuối năm 2012, các hạng mục này bị nhà chùa tự ý hạ giải, tu bổ, tôn tạo không đúng quy định tạo nên dư luận không tốt. Các cơ quan quản lý văn hóa đã khẩn trương vào cuộc, khắc phục sai phạm. Lãnh đạo huyện Chương Mỹ khẳng định, vụ việc sai sót tại chùa Trăm Gian là bài học kinh nghiệm quý báu cho công tác quản lý Nhà nước về văn hóa ở địa phương.

(Theo TTXVN)