Thực hiện Quyết định số 1819/QĐ-TTg ngày 16/11/2017 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Kế hoạch cơ cấu lại ngành nông nghiệp (CCLNNN) giai đoạn 2017 - 2020, tỉnh đã chỉ đạo triển khai đồng bộ, HĐND tỉnh ban hành Nghị quyết số 11/NQ-HĐND ngày 02/8/2018 về một số nội dung chủ yếu CCLNNN gắn với xây dựng nông thôn mới (XDNTM) đến năm 2020.

Cùng đó, xây dựng các đề án phát triển sản phẩm chủ lực, sản phẩm đặc sản, sản xuất hữu cơ và thực hiện các nhóm giải pháp đề ra của Nghị quyết; ban hành, điều chỉnh hàng loạt cơ chế, chính sách hỗ trợ phát triển sản xuất giai đoạn 2016 - 2020, tổng kinh phí hỗ trợ thực hiện các đề án, chính sách hỗ trợ phát triển sản xuất nông, lâm - nghiệp, thủy sản giai đoạn 2016 - 2020 là trên 307.583 triệu đồng. 

Nhờ vậy, các chính sách cơ bản đáp ứng yêu cầu thực tiễn sản xuất, thúc đẩy phát triển sản xuất, nâng cao năng suất, chất lượng, giá trị gia tăng sản phẩm nông - lâm nghiệp, thủy sản chủ lực. Tập trung phát triển, triển khai các hình thức liên kết sản xuất và toàn tỉnh đã có 265 hợp tác xã (HTX), 1.340 tổ hợp tác. HTX trong khu vực nông nghiệp đã thể hiện vai trò quan trọng trong ứng dụng, chuyển giao tiến bộ kỹ thuật vào sản xuất, thúc đẩy chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi, góp phần tạo nhiều việc làm mới, nâng cao thu thập, cải thiện đời sống vật chất, tinh thần nông dân, khẳng định vai trò HTX trong nông nghiệp, nông thôn. Thành công hơn nữa là việc phát triển các hình thức liên kết sản xuất theo chuỗi giá trị, hiện đã, đang triển khai thực hiện 29 dự án liên kết sản xuất theo chuỗi giá trị trong nông nghiệp với tổng kinh phí trên 77.447 triệu đồng. 

Các dự án liên kết chủ yếu là sản phẩm nông nghiệp có lợi thế cạnh tranh: lúa gạo, chè, rau an toàn, gỗ nhiên liệu, cá hồ Thác Bà... Cùng đó, tỉnh thực hiện rất thành công huy động nguồn lực đầu tư phát triển hạ tầng kinh tế - xã hội nông thôn và trong giai đoạn 2016 - 2019 đã kiên cố hóa 1.106,97 km đường bê tông; mở mới 196,07 km đường đất; xây dựng 1.483 công trình thoát nước với kinh phí thực hiện trên 1.545,60 tỷ đồng. 

Về thủy lợi, xây mới, nâng cấp, sửa chữa 440 danh mục công trình với mức đầu tư là 431,45 tỷ đồng và 85% số hộ nông thôn được sử dụng điện lưới quốc gia; 121 xã/157 xã được quy hoạch có chợ. Việc chuyển giao, ứng dụng tiến bộ kỹ thuật có những chuyển biến tích cực, nhiều tiến bộ khoa học, kỹ thuật được ứng dụng vào sản xuất.

Năm 2019, tỉnh ban hành, thực hiện đề án nâng cao chất lượng và xúc tiến thương mại cho các sản phẩm nông, lâm nghiệp, thủy sản nhằm hỗ trợ người sản xuất áp dụng các quy trình sản xuất an toàn và tham gia tổ chức các hoạt động xúc tiến thương mại tìm kiếm kênh tiêu thụ sản phẩm nông sản. 

Dự kiến hết năm 2020, tỉnh thực hiện 57 dự án chứng nhận chất lượng theo tiêu chuẩn VietGAP cho các sản phẩm nông nghiệp chủ lực: chè, rau, cây ăn quả có múi, sản xuất lúa gạo... Xây dựng mới nhãn hiệu chứng nhận cho 8 sản phẩm: bưởi Diễn Trấn Yên; chè xanh Bát tiên Trấn Yên; quế vỏ khô Trấn Yên; măng mai Lục Yên; lạc đỏ Lục Yên; gà trống thiến Lục Yên; lợn đen bản địa Trạm Tấu; gà đen bản địa Trạm Tấu... 

Có thể khẳng định, sau 3 năm thực hiện CCLNNN gắn với XDNTM, tỉnh đã làm tốt quy hoạch ngành, vùng, sản phẩm nông - lâm nghiệp và quy hoạch NTM gắn với ban hành bộ cơ chế, chính sách hỗ trợ phát triển nông - lâm nghiệp, thủy sản và XDNTM một cách đồng bộ, toàn diện, đảm bảo an ninh lương thực ở vùng đặc biệt khó khăn; từng bước phát triển sản xuất hàng hóa tập trung, nâng cao giá trị sản phẩm chủ lực gắn với XDNTM... 

Nhờ vậy, tốc độ tăng tổng sản phẩm nông, lâm nghiệp, thủy sản (theo giá so sánh 2010) giai đoạn 2016 - 2020 đạt 5,13%, vượt 0,13% so với mục tiêu. Cơ cấu tổng sản phẩm nông - lâm nghiệp, thủy sản đến năm 2020 đạt 22% trong cơ cấu GRDP của tỉnh, vượt 0,7% so với mục tiêu. 

Cơ cấu nội ngành nông nghiệp (theo giá hiện hành) chuyển dịch theo hướng tích cực và năm 2020 chiếm khoảng 69,47%/kế hoạch 67%, cơ bản đạt mục tiêu đề ra. Trong đó, trồng trọt chiếm 61,98%, chăn nuôi chiếm 36,95%, dịch vụ nông nghiệp chiếm 1,07%; lâm nghiệp chiếm 26,24%; thủy sản chiếm 4,30%. 

Các chỉ tiêu sản phẩm chủ yếu của đề án ước thực hiện đến năm 2020 cơ bản đạt và vượt so với mục tiêu đề án như: tổng sản lượng lương thực có hạt 314.000 tấn, đạt 98,1% so với mục tiêu, tăng 13.279 tấn so với năm 2015; thịt hơi xuất chuồng các loại 55.800 tấn, đạt 101,5% so với mục tiêu, tăng 16.296 tấn so với năm 2015; nuôi, khai thác thủy sản 11.500 tấn, đạt 93,5% so với mục tiêu, tăng 5.071 tấn so với 2015; nuôi cá lồng có 2.148 lồng, đạt 107,4% so với mục tiêu, tăng 1.458 lồng so với 2015; trồng rừng bình quân hàng năm đạt trên 15.000 ha, tỷ lệ che phủ rừng đạt 63%, đạt mục tiêu đề ra; diện tích trồng dâu, nuôi tằm 1.168 ha, đạt 116,8% so với mục tiêu. 

Tỉnh đã hình thành, phát triển một số vùng sản xuất hàng hóa quy mô lớn, giá trị cao: vùng lúa chất lượng cao 3.000 ha, trồng dâu nuôi tằm gần 900 ha; cây ăn quả có múi trên 5.000 ha, quế 78.000 ha, tre măng Bát độ gần 5.000 ha, sơn tra trên 9.200 ha, trồng gỗ nguyên liệu 90.000 ha... 

Xây dựng được một số sản phẩm nông nghiệp đặc sản, đặc trưng, có thương hiệu, gắn kết giữa sản xuất với chế biến, tiêu thụ như: cam sành (Lục Yên), bưởi Đại Minh ), cá hồ Thác Bà (Yên Bình), chè Suối Giàng, gạo nếp Tú Lệ, gạo Mường Lò (Văn Chấn)… 

Hết năm 2019, có 69/157 xã đạt chuẩn NTM; năm 2020 dự kiến có thêm 12 xã, nâng tổng số xã đạt chuẩn NTM lên 75 xã/150 xã, chiếm 50% số xã; huyện Trấn Yên đạt huyện NTM, thành phố Yên Bái, thị xã Nghĩa Lộ hoàn thành nghĩa vụ XDNTM; thu nhập vùng nông thôn đạt 32 triệu đồng/người/năm, tăng gấp 2 lần so với năm 2015. Sản xuất nông nghiệp đã, đang trở thành trụ cột nền kinh tế. Nông dân sản xuất theo tín hiệu thị trường, sản xuất theo chuỗi giá trị. 

Phát triển nông nghiệp gắn với XDNTM đã hình thành các vùng dân cư nông nghiệp, nông thôn đa ngành nghề, phát triển bền vững, giữ gìn môi trường sinh thái, bảo tồn bản sắc văn hóa các dân tộc.