1-Huyện Trấn Yên (vốn thuộc phủ Quy Hoá, tỉnh Hưng Hóa cũ) gồm có 5 tổng như sau:

-Bách Lẫm (Bách Lẫm, Cường Nỗ, Hào Gia, Yên Bái, Bái Dương, Cổ Phúc, Nga Quán, Lương Nham, Minh Quân, Hòa Cuông, Ngòi Ngoan, Ngòi Vẻ, Thanh Liên).

-Giới Phiên (Giới Phiên, Lũ Điền, Gia Điền, Y Can, Phúc Lộc, Linh Thông, Đối Lương, Bình Trà, Thê Phượng, Âu Lâu, Bò Đái).

-Lương Ca (Lương Ca, Đan Ốc, Khánh Môn, Đèo Đẩy).

-Yên Phú (Yên Phú, Đại Phác, Xuân Giang, Hoài Viễn, Kiên Lao, Quảng Mạc, Quy Mông, Đôn Giáo, Yên Dũng, Cánh Tiên, Khe Đồng, Khe Giang, Ngòi Thíp, Ngòi Tháp, Khe Rộng, Ngòi Viễn, Cát Tráng, Thung Dung).

-Đông Cuông (Đông Cuông, Mậu A, Đại Bục, Báo Đáp, Đôn Bản, Phong Dụ, Lan Đình, Trái Hút, Yên Thái, Thụy Cuông, Nậm Dùm, Đá Đen, Khe Bé, Khe Ninh, Ngòi Qué, Khe Long…).

Từ các xã thuộc các tổng trên, đến năm 1902 toàn huyện Trấn Yên lên tới 82 xã trong đó có một số xã nhập từ tổng Đan Thượng của huyện Hạ Hòa (Phú Thọ) sang tổng Giới Phiên như Hòa Quân, Đức Quân hoặc Lương Ca thuộc tổng Lương Ca chia thành 3 xã: Lương Tàm, Ca Minh và Lương Tàm Mán. Ở tổng Đông Cuông lại thêm các xã Khe Chia, Khe Min, Ngòi Chắt, Ngòi Trang, Ngòi Nhội, Ngòi Vải, Ngòi Khai, Ngòi Lâm, Khe Hào, Ngọn Ngòi Khai, Nghĩa Phương, Ngòi Câu, Khe Phúc, Cửa Thắt, Khe Bang…

Năm 1905 một số làng thuộc tổng Bách Lẫm được đưa vào thị xã Yên Bái. Năm 1906 lập thêm các làng Dao Viễn, Phú Thọ thuộc tổng Đông Cuông. Ngày 22-5-1907 sáp nhập các tổng Văn Lãng, Bình Lục, Văn Phú của huyện Hạ Hòa (Phú Thọ) vào huyện Trấn Yên.

2-Huyện Văn Chấn (Vốn là một châu thuộc phủ Quy Hóa, tỉnh Hưng Hóa cũ) gồm 4 tổng như sau:

-Hạnh Sơn (Hạnh Sơn, Thanh Lương, Trạm Tấu).

-Phù Nham (Phù Nham, Nghĩa Lộ, Sơn Bục, Suối Bu, Suối Quyền, Suối Buông, Suối Giàng).

-Sơn A (Sơn A, Gia Hội, Tú Lệ, Nậm Mười, Nậm Linh, Nậm Giổng, Bạch Tú Sơn, Cao Phạ, Bản San).

-Đại Lịch (Đại Lịch, Đồng Bách, Thượng Bằng La, Hạ Bằng La, Khe Bố, Đá Giẽ, Hắc Tú Sơn.

Năm 1907 lập thêm 2 xã thuộc tổng Đại Lịch, sau đó lập thêm 2 tổng Trạm Tấu và Nghĩa Lộ trên cơ sở tách một số xã bản thuộc 2 tổng Hạnh Sơn và Phù Nham.

Trên phạm vi toàn tỉnh, năm 1905 các vùng Bảo Hà, Dương Quỳ được đưa sang bộ phận dân sự. Năm 1907 xác định được địa giới và phân vạch đường phố ở thị xã Yên Bái. Năm 1910 lập trung tâm hành chính Lục An Châu và sáp nhập 2 huyện Văn Bàn và Lục Yên vào tỉnh Yên Bái.

3.Huyện Văn Bàn (vốn là một châu thuộc thủ Quy Hóa, tỉnh Hưng Hóa cũ) có 2 tổng như sau:

-Văn Bàn (Văn Bàn, Xuân Giao, Khánh An, Châu Quế, Khảo Bản)

-Vũ Lao (Vũ Lao, Kế Dương, Phú Nhuận, Ngòi Thâm)

4.Huyện Lục Yên (phủ Yên Bình tỉnh Tuyên Quang) gồm 6 tổng như sau:

-Trúc lâu (Trúc Lâu, Tô Trà, Tô Mậu, Động Quan, Hãn Lệnh)

-Lịch Hạ (Lịch Hạ, Cổ Văn, Liễu Đô, Vĩnh Lạc, Từ Hiếu, Dư Vị)

-Lâm Trường Thượng (Lâm Trường Thượng, Lâm Trường Trung, Tòng Lệnh, Minh Chuẩn).

-Lâm Trường Hạ, Dương Thượng, Đà Dương, Nhân Mục, Thản Cù, Thuận Mục).

-Lương Sơn (Lương Sơn, Lâm Vân, Phúc Khánh, Điện Quang).

-Nghĩa Đô (Nghĩa Đô, Xuân Kỳ, Vị Thượng).

Năm 1911 huyện lỵ Trấn Yên được chuyển về Ngòi Hóp. Năm 1917 đưa xã Hạ Bằng La từ tổng Đại Lịch (Văn Chấn) sang tổng Lương Ca (Trấn Yên). Năm 1919 lập thêm xã Đông Phú thuộc tổng Lương Ca.

Ngày 23-3-1920 sát nhập châu Than Uyên từ tỉnh Lai Châu vào Yên Bái.

Than Uyên trở thành châu vào ngày 19-4-1910 gồm đất đai của châu Chiêu Tấn, Thủy Vĩ của tỉnh Hưng Hóa cũ. Lúc đầu, châu Than Uyên thuộc tỉnh Sơn La.

5. Châu Than Uyên (có 5 tổng với 18 làng động như sau):

-Than Uyên (2 làng, 1 động Dao, 1 động Mông)

-Mường Cang (1 làng, 1 động Dao, 1 động Khơ Mú)

-Mường Kim (1 làng, 1 động Mông, 1 Khơ Mú

-Chu Chen Phung (2 động Mông)

-Kim Nọi (2 động Mông).

Châu lỵ Than Uyên là Mường Than (1 làng, 1 động Dao, 1 động Khơ Mú, 1 động Mông).

Trong năm 1920 lập tổng Tú Lệ trên cơ sở tổng Sơn A của Văn Chấn nhập về Trấn Yên. Năm 1922 nhập Đan ốc tổng Lương Ca thành Phú Nhuận. Năm 1938 sửa đổi Văn Chấn, Than Uyên, Văn Bàn. Các huyện Văn Chấn, Than Uyên đổi gọi là phủ. Trụ sở bang tá từ Bảo Hà chuyển lên Trái Hút. Trong khoảng thời gian từ 1939-1942 lại chuyển về Kim Nọi, Thân Châu (Than Uyên) về lập tổng Kim Nọi (Văn Chấn) nhập Tú Lệ, Nậm Búng vào tổng Tú Lệ.

Đến trước Cách mạng tháng 8-1945, Yên Bái có 28 tổng, 124 làng, 972 thôn bản và 5 hộ. (Trấn Yên: 7 tổng, 58 làng, 274 thôn bản, Văn Bàn 3 tổng, 5 làng, 78 thôn bản. Lục Yên 6 tổng, 27 làng, 205 thôn bản. Than Uyên 6 tổng, 7 làng, 157 thôn bản. Thị xã Yên Bái 5 hộ).

(Theo "Tỉnh Yên Bái một thế kỷ")