Sau một số lần chia tách, sáp nhập, đổi tên, đầu năm học 1997-1998, Trường chính thức mang tên Trường THCS Trần Quốc Toản. Đó cũng là thời điểm thị trấn Mậu A được công nhận phổ cập THCS. Từ năm học tiếp theo đến nay, nhiều năm liền Trường đạt danh hiệu trường tiên tiến xuất sắc cấp tỉnh với những kết quả đáng ghi nhận như: 100% học sinh hết tiểu học được huy động đến trường, trong đó dân số trong độ tuổi học THCS đạt 98%, số lượng học sinh duy trì luôn đạt 99,5% trở lên, tỷ lệ học sinh chuyển lớp và tốt nghiệp cuối cấp đạt 97%... Đó là những điều kiện thuận lợi để Trường đề ra mục tiêu và thực hiện xây dựng trường chuẩn quốc gia từ năm 2006.

Trong quá trình triển khai, nhà trường đã chú trọng tuyên truyền những nội dung phải tiến hành và nhiệm vụ năm học nhằm tạo sự đồng thuận của địa phương, các tổ chức xã hội và nhân dân tham gia công tác xã hội hóa giáo dục. Nhờ đó, ngoài sự đầu tư của Nhà nước, Trường đã huy động các nguồn lực xây dựng cơ sở vật chất, riêng năm học 2009-2010 huy động gần 100 triệu đồng, góp phần hoàn thiện một số công trình theo tiêu chí trường chuẩn. Ngoài số phòng học đủ cho tổ chức học 1 ca, hệ thống phòng học bộ môn (gồm phòng tin học, phòng nhạc, thực hành đèn chiếu, thí nghiệm), phòng chức năng, khu hiệu bộ, sân chơi bãi tập được quy hoạch, bố trí riêng biệt, gọn gàng trong một khuôn viên xanh đáp ứng các yêu cầu và phát huy hiệu quả trong công tác dạy và học.

Dưới sự lãnh đạo của chi bộ, sự chỉ đạo của Ban Giám hiệu và phát huy sức mạnh tổng hợp của các tổ chức trong và ngoài nhà trường, đặc biệt là sự quan tâm phối hợp của các bậc phụ huynh, phong trào thi đua thường xuyên được khơi dậy trong giáo viên và học sinh. Phong trào "Kỷ cương, tình thương, trách nhiệm", phong trào "Hai tốt", phong trào "Xây dựng trường học thân thiện, học sinh tích cực" và các cuộc vận động lớn trong toàn ngành đã được cán bộ, giáo viên tích cực hưởng ứng. Bên cạnh xây dựng tập thể đoàn kết, Trường luôn tạo thuận lợi cho đội ngũ cán bộ giáo viên trong việc học tập, bồi dưỡng và tự bồi dưỡng để nâng cao trình độ.

Đến nay, 100% giáo viên đứng lớp và cán bộ quản lý đều đạt chuẩn và trên chuẩn. Giáo viên thực hiện nghiêm túc chương trình và các quy định chuyên môn, tất cả soạn bài theo phương pháp mới và ứng dụng công nghệ thông tin vào công tác giảng dạy; từng tổ chuyên môn đã duy trì việc xây dựng chuyên đề về phương pháp mới, việc kiểm tra, dự giờ, thăm lớp được tiến hành thường xuyên. Các phong trào thi đua trong học sinh được Liên đội thiếu niên tiền phong phát động vào dịp kỷ niệm những ngày lễ lớn trong năm học như: "Chào năm học mới", "Tôn sư trọng đạo - Hoa dâng tặng thầy cô", "Uống nước nhớ nguồn - Hành quân về Chiến khu Việt Bắc"…

Thông qua đó, tạo không khí thi đua trong từng khối, lớp học, giúp học sinh phấn đấu rèn luyện đạo đức, nêu cao ý thức tự giác trong học tập và hưởng ứng các phong trào do các ngành, các tổ chức xã hội phát động, tham gia quyên góp giúp đỡ các bạn ở vùng sâu vùng xa, các bạn khuyết tật, thăm hỏi gia đình thương binh liệt sỹ. Chỉ tính trong năm học vừa qua, các em đã quyên góp gần 1.300 quần áo, mua các sản phẩm giúp các đối tượng xã hội trị giá 1.800 ngàn đồng. Các hoạt động này góp phần hình thành nhân cách học sinh, ngăn chặn tệ nạn xâm nhập vào trường học, nền nếp kỷ cương nhà trường được giữ vững.

Sự cố gắng của thầy và trò Trường THCS Trần Quốc Toản được khẳng định bằng chất lượng giáo dục hàng năm, tỷ lệ giáo viên dạy giỏi, chiến sỹ thi đua, học sinh giỏi các cấp đều tăng. Năm học 2009-2010, xếp loại chung, hầu hết cán bộ giáo viên đạt khá và xuất sắc, có 2 giáo viên đạt danh hiệu giáo viên giỏi cấp tỉnh. Số lượng học sinh duy trì đến cuối năm 302/305 em, trong đó hành kiểm khá và tốt chiếm 97,3%, học lực khá, giỏi có 158 em, chiếm 53,2%, tỷ lệ học sinh lớp 9 tốt nghiệp 99,09%. Trong kỳ thi học sinh giỏi cấp huyện, Trường có 32 học sinh lớp 9 dự thi thì 17 em được chọn tham gia đội tuyển của huyện tham dự kỳ thi cấp tỉnh. Trong năm học có 1 học sinh của trường đạt giải nhất tin học tuổi trẻ tỉnh Yên Bái, đội thi giải toán trên mạng đạt 1 giải khuyến khích quốc gia.

Những kết quả đạt được trong năm học đầu tiên được công nhận trường chuẩn quốc gia là động lực, là tiền đề cho Trường THCS Trần Quốc Toản tiếp tục giữ vững kỷ cương nền nếp, nâng cao chất lượng giáo dục, duy trì và từng bước nâng cấp các tiêu chí đã được công nhận, phấn đấu trở thành ngôi trường luôn dẫn đầu trong sự nghiệp giáo dục trên địa bàn huyện Văn Yên trong những năm tiếp theo.

Quang Tuấn - Hồng Kông