Là Phó trưởng khoa phụ trách chuyên môn, anh luôn học hỏi những kinh nghiệm để áp dụng vào công việc. Tận tình với người bệnh, có tinh thần trách nhiệm trong lãnh đạo, thực hiện chuyên môn nghiệp vụ, anh Đông tự rút ra được nhiều kinh nghiệm cho bản thân. Giúp việc cho Trưởng khoa, anh đã đề xuất nhiều ý kiến, giúp cho quá trình phẫu thuật đạt hiệu quả cao, an toàn, hàng năm đạt và vượt chỉ tiêu kế hoạch. Anh Đông cũng luôn thực hiện tốt quy chế chuyên môn, nội quy khoa phòng, các chế độ thường trực, cấp cứu, không để xảy ra sai sót trong chuyên môn.

Năm 1999, anh Đông được cử dự thi và đã thi đỗ cao học khóa VIII, chuyên ngành Ngoại khoa, Trường Đại học Y Hà Nội. Đây là quãng thời gian để anh có điều kiện học hỏi thêm những kinh nghiệm trong chẩn đoán, điều trị, phẫu thuật. Tháng 9 năm 2002, anh bảo vệ thành công luận văn tốt nghiệp cao học với đề tài: “Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, cận lâm sàng của di chứng tiết niệu do vỡ xương chậu do chấn thương” đạt loại giỏi. Với đề tài này đã giúp cho các bác sỹ lâm sàng có thêm kinh nghiệm trong chẩn đoán, xử trí bước đầu đúng và điều trị di chứng cho người bệnh giảm thiểu tàn phế về sau.

Tháng 10 năm 2002, anh Đông trở về và tiếp tục công tác tại Khoa Ngoại. Anh đã mạnh dạn áp dụng các kiến thức và kỹ năng được học tập vào thực tế điều trị. Rất nhiều bệnh lý ngoại khoa trước đây phải chuyển tuyến thì nay đã được điều trị tại tỉnh, giảm thiểu chi phí điều trị, giúp người bệnh đỡ một phần khó khăn và củng cố niềm tin của nhân dân.

 Tháng 7 năm 2006, anh Đông được cử theo học lớp bồi dưỡng sau đại học về phẫu thuật nội soi ổ bụng tại Trường Đại học Y dược thành phố Hồ Chí Minh. Khi hoàn thành khóa học trở về, anh đã cùng các bác sỹ trong khoa từng bước tiến hành phẫu thuật nội soi cắt túi mật, cắt nang gan, nang thận, cắt ruột thừa, cắt u buồng trứng, cắt khối chửa ngoài tử cung và nội soi chẩn đoán. Đây là một phương pháp phẫu thuật ít xâm hại, rút ngắn thời gian điều trị, giảm chi phí phẫu thuật, phục hồi sức khỏe nhanh và đạt yêu cầu về mặt thẩm mỹ. 

 Năm 2003 - 2004, anh Đông cùng đồng nghiệp thực hiện đề tài nghiên cứu khoa học cấp ngành: “Đánh giá kết quả điều trị bệnh u xơ tuyến tiền liệt bằng phẫu thuật Millin tại Khoa Ngoại, Bệnh viện Đa khoa tỉnh Yên Bái trong 2 năm”. Đề tài được nghiệm thu năm 2005 và đạt 82,5 điểm. Đây thực sự là một phẫu thuật khó mà trước đây chưa từng áp dụng tại tỉnh. Với phẫu thuật này đã giúp cho bệnh nhân cao tuổi cải thiện chất lượng cuộc sống.

 Năm 2007, anh Đông tiến hành làm đề tài nghiên cứu khoa học cấp cơ sở: “Đánh giá kết quả điều trị bệnh tinh hoàn ẩn bằng phẫu thuật hạ tinh hoàn”. Đề tài đã góp phần giúp cán bộ y tế, nhất là cán bộ y tế tuyến cơ sở có nhận thức đúng đắn về chỉ định và phương pháp điều trị, mang lại những điều tốt đẹp cho tương lai con trẻ.

Không những là một bác sỹ tận tình, gương mẫu, anh Đông còn là một cán bộ hội năng động; nhiệt tình tham gia và vận động quần chúng thực hiện các hoạt động đoàn thể, các phong trào đền ơn đáp nghĩa, ủng hộ đồng bào bị ảnh hưởng thiên tai, lũ lụt… và giúp đỡ, bồi dưỡng quần chúng giới thiệu cho Đảng. Bên cạnh việc phẫu thuật và điều trị, anh Đông thường xuyên tình nguyện tham gia hỗ trợ chuyên môn cho tuyến dưới; tình nguyện giảng dạy cho sinh viên Y6 Trường Đại học Y Thái Nguyên, học sinh Trường Trung cấp Y tế Yên Bái và hướng dẫn thực tập.

Tháng 6 năm 2005, anh Đông tình nguyện về Bệnh viện Kinh tế mới Văn Chấn. Bằng phương pháp cầm tay chỉ việc, anh cùng đồng nghiệp đã phẫu thuật thành công trên 160 ca bệnh, siêu âm cho trên 2.500 ca, góp phần chẩn đoán chính xác, xử trí kịp thời những ca bệnh hiểm nghèo. Đồng thời, anh cùng đồng nghiệp đến các phòng khám khu vực, trạm y tế xã tiến hành siêu âm, chẩn đoán, làm công tác sinh đẻ kế hoạch…

Anh Đông đã cùng tập thể Khoa phấn đấu nhiều năm đạt danh hiệu tổ lao động tiên tiến xuất sắc. Cá nhân anh nhiều năm đạt danh hiệu chiến sỹ thi đua cấp cơ sở và được nhận bằng khen của UBND tỉnh Yên Bái. Năm 2007, anh đại diện cán bộ, hội viên toàn tỉnh tham gia làm Ủy viên Hội Thầy thuốc trẻ Việt Nam. Và tháng 2 năm 2008, Nguyễn Nguyên Đông được Trung ương Hội LHTN Việt Nam tặng bằng khen vì có đóng góp xuất sắc trong công tác hội và phong trào thanh niên tỉnh Yên Bái.

Như Quỳnh