Mục tiêu chung của Chương trình là phát triển hệ thống bảo đảm và kiểm định chất lượng giáo dục đại học và cao đẳng sư phạm Việt Nam đáp ứng yêu cầu đổi mới căn bản, toàn diện giáo dục và đào tạo, đáp ứng khung chất lượng ASEAN, góp phần quan trọng thúc đẩy tự chủ giáo dục đại học, nâng cao chất lượng giáo dục đại học và cao đẳng sư phạm.

Giai đoạn 2022-2025: Hệ thống bảo đảm chất lượng bên trong các cơ sở giáo dục đại học và cao đẳng sư phạm (cơ sở đào tạo) được cơ bản hoàn thành; năng lực hệ thống kiểm định chất lượng giáo dục đại học và cao đẳng sư phạm được nâng cao. 

Cụ thể, tất cả cơ sở đào tạo hoàn thành hệ thống bảo đảm chất lượng bên trong với mục tiêu, chính sách, nguồn lực, nhiệm vụ, kế hoạch, các quy trình bảo đảm chất lượng và hệ thống thông tin bảo đảm chất lượng được xác định rõ ràng phù hợp với sứ mạng, mục tiêu và điều kiện thực tế của cơ sở đào tạo trong từng giai đoạn trên cơ sở các bộ tiêu chuẩn đánh giá chất lượng trong nước và nước ngoài; tất cả cơ sở đào tạo hoàn thành tự đánh giá, 95% cơ sở đào tạo đạt tiêu chuẩn chất lượng chu kỳ kiểm định lần thứ nhất; 70% cơ sở đào tạo đạt tiêu chuẩn chất lượng chu kỳ kiểm định lần thứ hai; có ít nhất 750 người được cấp thẻ kiểm định viên; tất cả kiểm định viên được bồi dưỡng chuyên sâu về công tác bảo đảm và kiểm định chất lượng giáo dục, trong đó có 5% kiểm định viên có chứng nhận và tham gia hoạt động kiểm định quốc tế…

Mục tiêu giai đoạn 2026-2030:  Phát triển hệ thống bảo đảm chất lượng bên trong cơ sở giáo dục đại học và cao đẳng sư phạm; phát triển bền vững hệ thống kiểm định chất lượng giáo dục đại học và cao đẳng sư phạm.

Trong đó, tất cả cơ sở đào tạo phát triển hệ thống bảo đảm chất lượng bên trong để thực thi hiệu quả mục tiêu chiến lược và văn hóa chất lượng của cơ sở đào tạo; tất cả cơ sở đào tạo đạt tiêu chuẩn chất lượng theo các chu kỳ kiểm định phù hợp; tất cả các tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục trong nước tự đánh giá theo khung tiêu chuẩn đánh giá của khu vực ASEAN...