Nội dung kiểm toán gồm: Kiểm tra đánh giá việc tuân thủ quy định trong lập, thẩm định và phê duyệt các dự án thuộc Chương trình; kiểm toán nguồn kinh phí, thanh toán và quyết toán kinh phí của Chương trình năm 2012; việc huy động và lồng ghép các nguồn vốn; việc bố trí vốn đối ứng theo cam kết đối với Chương trình;  Kiểm toán công tác quản lý chỉ đạo phối hợp thực hiện chương trình; tính kinh tế, hiệu lực, hiệu quả việc quản lý và sử dụng kinh phí của Chương trình; kết quả thực hiện mục tiêu, nội dung của Chương trình năm 2012. Dự kiến thời gian kiểm toán từ ngày 21/5 đến ngày 7/6/2013.

Năm 2012, tổng ngân sách nhà nước đầu tư cho thực hiện Chương trình mục tỉêu quốc gia nước sạch và vệ sinh môi truờng tỉnh Yên Bái là 90.663 triệu đồng. Tính hết năm 2012, tỷ lệ người dân được sử dụng nước sinh hoạt hợp vệ sinh môi trường 76,3%; số hộ gia đình nông thôn có nhà tiêu hợp vệ sinh 46,5%; số gia đình có chuồng trại chăn nuôi hợp vệ sinh đạt tỷ lệ 49,6% ...

 P.V