Toàn huyện có 27 xã thị trấn là: An Thịnh, Đại Phác, Yên Phú, Mỏ Vàng, Đại Sơn, Viễn Sơn, Nà Hẩu, Xuân Tầm, Tân Hợp, Đông An, Châu Quế Thượng, Châu Quế Hạ, Phong Dụ Thượng, Phong Dụ Hạ, Nà Hẩu, Lang Khay, Lang Thíp, An Bình, Quang Minh, Mậu Đông, Đông Cuông, Ngòi A, Yên Thái, Yên Hợp, Xuân Ái, Hoàng Thắng và thị trấn huyện lỵ Mậu A. Đất Văn Yên nổi tiếng với các tiềm năng về khoáng sản và các loại cây kinh tế mũi nhọn của tỉnh. Đó là các mỏ kim loại màu quý hiếm, mỏ sắt, mỏ graphit...

Cây quế Văn Yên có hàm lượng tinh dầu đứng thứ hai sau quế Trà My ở Quảng Nam. Trung bình mỗi năm diện tích quế ở Văn Yên lại được trồng mới thêm hàng ngàn ha, nâng tổng diện tích quế đến năm 2004 toàn huyện lên trên 13.000 ha. Đây là nguồn thu nhập chính trong kinh tế hộ gia đình của người Dao Văn Yên.

Những năm gần đây, được sự đầu tư, hỗ trợ của Nhà nước, bộ mặt kinh tế, xã hội của Văn Yên ngày càng được khởi sắc. Đảng bộ và nhân dân các dân tộc trong huyện đã và đang đẩy mạnh việc chuyển dịch cơ cấu kinh tế cây trồng, vật nuôi bước đầu tạo ra được một số vùng sản xuất nguyên liệu phục vụ chế biến tại địa phương như: vùng sắn cao sản, vùng nguyên liệu giấy, vùng quế và đang hình thành vùng dứa lấy quả... Theo đó tỷ lệ hộ khá giàu tăng lên trên 40% năm 2004, hộ nghèo giảm xuống dưới 9%.

Văn Yên có nhiều địa điểm di tích lịch sử văn hoá như Đền Đông Cuông thờ Mẫu thượng ngàn ở xã Đông Cuông, Đền Nhược Sơn thờ vị tướng Hà Chương có công chống quân Nguyên Mông lần thứ hai thời nhà Trần ở xã Châu Quế Hạ... Và những nét đẹp của truyền thống văn hoá, sự đổi mới trong nếp nghĩ, cách làm cùng tấm lòng mến khách của đồng bào các dân tộc ở nơi đây sẽ khiến mỗi người đến một lần mà nhớ mãi về sau.