Theo đó, mã định danh y tế (tên tiếng anh là Health Identification, viết tắt là ID) là nhóm dữ liệu được sử dụng để nhận biết một cá nhân tham gia dịch vụ chăm sóc sức khỏe. Mỗi người dân có một mã định danh y tế (ID) duy nhất và tồn tại suốt đời. Mã định danh y tế quốc gia được sinh tự động từ hệ thống mã định danh của Bộ Y tế.

Mã định danh y tế gồm dãy các ký tự, được chia thành 3 phần: "XXXXXXXXXX . xxxxxxxxxx”. Trong đó, mười ký tự đầu của dãy số là số bảo hiểm xã hội của cá nhân tham gia bảo hiểm xã hội được quy định trong Quyết định số 346/QĐ-BHXH ngày 28 tháng 3 năm 2019 của Tổng Giám đốc Bảo hiểm xã hội Việt Nam về việc ban hành quy chế quản lý và cấp mã số bảo hiểm xã hội cho người tham gia bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế; ký tự thứ mười một là dấu phân cách giữa hai dãy số thể hiện là dấu ".” dùng để xử lý các công nghệ không có định hướng; dãy ký tự sau cùng được sử dụng để đảm bảo định danh hợp lệ (Những ký tự này được sinh ra theo một thuật toán cố định dựa trên những thông tin cơ bản như: số bảo hiểm xã hội, họ và tên, năm sinh, giới tính, nơi sinh); các ký tự từ thứ mười một đến cuối sẽ được làm mờ đi và chỉ được dùng để kiểm tra tính hợp lệ trên hệ thống cấp mã định danh y tế.

Trên cơ sở mã số bảo hiểm xã hội và thông tin hành chính của người dân, hệ thống mã định danh y tế của Bộ Y tế sẽ tự động xác lập ID của người dân.

Theo Quy chế, mỗi cơ sở y tế được cấp một tài khoản và mật khẩu dùng để truy xuất dữ liệu trên hệ thống mã định danh y tế quốc gia. Các cơ sở y tế trên toàn quốc kết nối với hệ thống mã định danh y tế quốc gia để được cấp tự động ID của người bệnh. Trường hợp cơ sở y tế không kết nối với hệ thống mã định danh y tế quốc gia, cán bộ y tế truy cập vào trang thông tin của hệ thống mã định danh y tế quốc gia để tra cứu ID của người dân.

Các cơ sở y tế sử dụng ID được cấp trong việc tạo lập, liên kết các hồ sơ y tế trên các hệ thống thông tin y tế. Trong quá trình sử dụng và quản lý mã định danh y tế, các cơ sở y tế có trách nhiệm tuân thủ quy định về đảm bảo an toàn, an ninh thông tin của cả hệ thống mã định danh y tế quốc gia và ID của từng người bệnh.

Mã định danh y tế được lưu trữ, quản lý tại hệ thống mã định danh y tế quốc gia đặt tại trung tâm dữ liệu y tế thuộc Cục Công nghệ thông tin – Bộ Y tế. Các cơ sở y tế có trách nhiệm quản lý ID được cấp. Hệ thống mã định danh y tế quốc gia định kỳ đồng bộ dữ liệu với cơ sở dữ liệu hộ gia đình tham gia bảo hiểm xã hội của Bảo hiểm xã hội Việt Nam.