Theo đó, Bệnh viện Y học cổ truyền - Phục hồi chức năng là đơn vị sự nghiệp trực thuộc và chịu sự quản lý trực tiếp của Sở Y tế tỉnh Yên Bái, đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, thanh tra về chuyên môn, nghiệp vụ của Bộ Y tế và đơn vị chuyên khoa tuyến trên.

Bệnh viện Y học cổ truyền - Phục hồi chức năng có chức năng thực hiện khám bệnh, chữa bệnh đa khoa và phục hồi chức năng bằng y học cổ truyền, kết hợp y học cổ truyền với y học hiện đại; khám, chữa bệnh đa khoa, tổ chức an dưỡng cho người bệnh và các đối tượng khác có nhu cầu; nghiên cứu khoa học, bảo tồn và phát triển y, dược cổ truyền; đào tạo, chỉ đạo tuyến về chuyên môn kỹ thuật và là cơ sở thực hành về y, dược cổ truyền của các cơ sở đào tạo y, dược và các đơn vị có nhu cầu.

Bệnh viện có tư cách pháp nhân, có trụ sở, con dấu và tài khoản riêng hoạt động theo quy định của pháp luật.

Trụ sở làm việc của Bệnh viện tại số 723, đường Yên Ninh, phường Minh Tân, thành phố Yên Bái, tỉnh Yên Bái. 

Nhiệm vụ và quyền hạn của Bệnh viện Y học cổ truyền - Phục hồi chức năng gồm: khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng, an dưỡng; nghiên cứu khoa học, bảo tồn và phát triển y, dược cổ truyền; đào tạo; chỉ đạo tuyến; phòng, chống dịch bệnh; tuyên truyền, giáo dục sức khỏe; công tác dược và vật tư y tế; quản lý bệnh viện; thực hiện công tác quản lý cán bộ, chế độ chính sách, khen thưởng, kỷ luật đối với viên chức và quản lý tài chính, tài sản của đơn vị theo quy định của pháp luật; thực hiện các chế độ thống kê, báo cáo theo quy định của pháp luật; hợp tác quốc tế; thủ tục sản xuất, cung cấp và hướng dẫn sử dụng hiệu quả dụng cụ trợ giúp cho người bệnh; hướng dẫn người dân sản xuất và sử dụng dụng cụ trợ giúp đơn giản cho người bệnh tại cộng đồng; thực hiện chế độ thống kê, báo cáo chuyên môn theo quy định và nhiệm vụ khác liên quan đến khám bệnh, chữa bệnh khi có đủ điều kiện và được cấp có thẩm quyền phê duyệt; thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Sở Y tế giao theo quy định của pháp luật.

Về cơ cấu tổ chức và biên chế, Bệnh viện Y học cổ truyền - Phục hồi chức năng có Giám đốc và không quá 3 Phó Giám đốc, có 4 phòng, 6 khoa chuyên môn.

Bệnh viện có số lượng người làm việc được xác định trên cơ sở Đề án vị trí việc làm gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và tình hình điều kiện thực tế về khả năng ngân sách của đơn vị được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt;

Việc quản lý, sử dụng viên chức và người lao động của Bệnh viện được xác định  trên cơ sở Đề án vị trí việc làm với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động, tình hình điều kiện thực tế và khả năng ngân sách của đơn vị theo quy định của pháp luật và phân cấp quản lý cán bộ của tỉnh.

Bệnh viện Y học cổ truyền tỉnh Yên Bái được thành lập theo Quyết định số 105/QĐ-UB ngày 11/12/1989 của UBND tỉnh Hoàng Liên Sơn tên gọi ban đầu là Bệnh viện Y học dân tộc, trên cơ sở tiếp nhận nguyên trạng cơ sở vật chất của khu điều trị cũ của Bệnh viện tỉnh Yên Bái với quy mô 50 giường bệnh trực thuộc Sở Y tế tỉnh Hoàng Liên Sơn. Từ tháng 7/1999, Bệnh viện được đổi tên thành Bệnh viện Y học cổ truyền theo Quyết định số 165/1999/QĐ-UB ngày 05/7/1999 của UBND tỉnh Yên Bái. Đến năm 2000, Bệnh viện chuyển địa điểm, được tiếp nhận lại cơ sở hạ tầng của khu phòng khám bệnh của Bệnh viện Đa khoa tỉnh Yên Bái và một phần của Xí nghiệp Dược phẩm Yên Bái. Trải qua 35 năm (11/12/1989 - đến nay), Bệnh viện đã không ngừng đổi mới, lớn mạnh và phát triển. Bệnh viện là đơn vị sự nghiệp y tế tuyến tỉnh, trực thuộc Sở Y tế tỉnh Yên Bái, với chức năng khám chữa bệnh đa khoa và phục hồi chức năng bằng y học cổ truyền, kết hợp y học cổ truyền với y học hiện đại, nghiên cứu khoa học, bảo tồn và phát triển y, dược cổ truyền; đào tạo, chỉ đạo tuyến về chuyên môn kỹ thuật và là cơ sở thực hành về y, dược cổ truyền của các cơ sở đào tạo y, dược và các đơn vị có nhu cầu. Là bệnh viện hạng III,Bệnh viện là tuyến khám chữa bệnh bằng y học cổ truyền cao nhất của tỉnh với quy mô hiện tại là 180 giường bệnh, thực kê là 240 giường; tổng số cán bộ là 96 người, trong đó có 90 biên chế.