Qua kiểm tra hầm chui tại các vị trí giao cắt giữa đường tỉnh, đường huyện, đường xã..., đường cao tốc Nội Bài - Lào Cai có rất nhiều hầm chui không đảm bảo thoát nước do đơn vị quản lý tuyến đường không thực hiện bảo dưỡng thường xuyên. Trước mùa mưa không nạo vét cống, rãnh khu vực hầm làm cho một số vị trí hầm bị ngập nước vào mùa mưa.

Đặc biệt hầm chui tại Km 56+400 ĐT 163 (xã Đông An, huyện Văn Yên) thường xuyên bị ngập sâu trên 1 mét, gây tắc đường nhiều giờ trong mùa mưa năm 2015 ảnh hưởng đến sinh hoạt, học tập, làm việc của cán bộ, nhân dân, học sinh trên địa bàn.

Sở Giao thông Vận tải Yên Bái đã phối hợp với các đơn vị quản lý kiểm tra trực tiếp có văn bản đề nghị với các đơn vị quản lý đường quan tâm giải quyết để đảm bảo trật tự an toàn giao thông, tạo điều kiện đi lại của người và các phương tiện tham gia giao thông trên tuyến. Tuy nhiên, đến nay các tồn tại trên chưa được khắc phục triệt để gây bức xúc cho chính quyền, nhân dân địa phương, Báo Yên Bái đăng tin đến nay chưa có phản hồi từ phía đơn vị quản lý đường cao tốc.