Đối với hoạt động kinh doanh (KD) xe gắn máy, khi người mua xe thực tế thanh toán tiền nhiều hơn số tiền ghi trên hóa đơn thì cơ sở KD vẫn phải nộp thuế theo mức giá tối thiểu mà cơ quan thuế qui định để tính thuế phù hợp với mặt bằng thực tế. Nếu mức giá tối thiểu quy định cao hơn giá bán thực tế, DN có quyền kiến nghị cơ quan thuế khảo sát và điều chỉnh. Trường hợp cơ sở KD mua hàng thanh toán tiền thực tế cao hơn số tiền ghi trên hóa đơn khi mua hàng, phải yêu cầu bên bán ghi hóa đơn đủ số tiền thực tế thanh toán. Nếu bên bán ghi không đúng, bên mua có quyền chối nhận và yêu cầu ghi lại hoá đơn đúng quy định. Nếu phát sinh chi phí vận chuyển, bốc xếp, lắp ráp thêm một số phụ tùng khác và chi phí dịch vụ mua ngoài (tiền thuê công nhân lắp ráp) thì các chi phí này được tính vào vốn hàng bán, nhưng phải có đủ hóa đơn, chứùng từ. Các khoản chi khuyến mại, được tính vào chi phí khi tính thu nhập chịu thuế, nhưng không vượt quá 10% tổng số loại chi phí (không bao gồm giá mua của xe). Các khoản tiền ủng hộ quỹ từ thiện, nhân đạo được chi từ nguồn thu nhập sau thuế của DN.

Cơ sở SXKD có sử dụng tài nguyên thiên nhiên, nếu không có chứng từ chứng minh đã được nộp thuế tài nguyên thì phải nộp thay cho người khai thác. Trường hợp khai thác tài nguyên gặp thiên tai bất ngờ, gây tổn thất tài nguyên đã kê khai nộp thuế hoặc khai thác các sản phẩm rừng tự nhiên do dân cư trên địa bàn có rừng được phép khai thác  phục vụ cuộc sống và bán ra, ngoài việc nộp thuế tài nguyên, cơ sở khai thác tài nguyên khoáng sản còn phải nộp phí bảo vệ môi trường để hỗ trợ cho công tác bảo vệ, phòng ngừa, hạn chế tác động xấu, khắc phục suy thoái, ô nhiễm, giữ gìn hệ sinh thái tạo cảnh quan môi trường do hoạt động khai thác khoáng sản  gây ra.

Việc quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp được thực hiện theo kỳ tính thuế là năm dương lịch. Trong cùng một thời gian nếu có một khoản thu nhập được miễn, giảm thuế theo nhiều trường hợp khác nhau thì cơ sở KD tự lựa chọn trường hợp được miễn, giảm thuế có lợi nhất theo chế độ quy định và thông báo cho cơ quan thuế biết. Nếu DN hoạt động không đủ 12 tháng trong năm thì có quyền lựa chọn thời gian và đăng ký điều kiện hưởng ưu đãi thuế kể từ năm tiếp theo, thời gian miễn, giảm thuế kể từ khi có thu nhập chịu thuế.

Trường hợp cơ sở KD 3 tháng liên tục trở lên có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết lớn hơn thuế đầu ra, cơ sở được lập thủ tục xin hoàn thuế, sau khi kiểm tra đủ điều kiện hoàn thì được hoàn thuế. Nếu cơ sở KD đầu tư mới đã đăng ký KD và đăng ký thuế theo phương pháp khấu trừ thuế đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa phát sinh thuế đầu ra mà có thời gian đầu tư từ một năm trở lên thì được xét hoàn thuế đầu vào theo từng năm. Số thuế GTGT đầu vào của tài sản đầu tư được hoàn có giá trị từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn theo từng quý.
Các dự án đầu tư vào ngành thuế thuộc "Danh mục A" và lĩnh vực pháp luật không cấm, sử dụng từ 20 lao động trở lên (đối với huyện Lục Yên); đầu tư vào địa bàn khuyến khích đầu tư (B, C) được hưởng mức thuế suất ưu đãi 15% trong thời gian 12 năm và 10% trong thời gian 15 năm, kể từ khi bắt đầu hoạt động. Được miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 8 năm tiếp theo (dự án thực hiện và cơ sở KD di chuyển đến địa bàn C). Miễn 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 7 năm tiếp theo đối với dự án đầu tư thực hiện tại địa bàn C (sử dụng từ 20 lao động trở lên thì được giảm 50% số thuế phải nộp trong 8 năm tiếp theo, nếu lao động là người thiểu số chiếm trên 30% thì được giảm thuế 50% trong 9 năm tiếp theo).

Các chứng từ không phải của Bộ Tài chính phát hành hoặc cơ sở tự in, không được Bộ Tài chính cho phép đều không phải là chứng từ hợp pháp, số tiền ghi trên chứng từ này không được tính vào chi phí khi tính thu nhập chịu thuế. Nếu thu mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến của người trực tiếp sản xuất bán ra, không có hóa đơn bán hàng thì được dùng bảng kê thu mua hàng hóa mẫu số 04/GTGT ban hành kèm theo Thông tư 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính, trên cơ sở chứng từ thanh toán của người bán hàng, dịch vụ, giám đốc DN duyệt chi theo bảng kê và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của bảng kê.

Phiếu thu là chứng từ kế toán bắt buộc phải có khi phát sinh nghiệp vụ thu, chi tiền mặt, nhưng không thể thay thế cho hóa đơn mua bán hàng hoặc bảng kê mua hàng. Trường hợp DN đã viết hóa đơn cho khách hàng (kể cả đã trả tiền hay chưa) là thời điểm phát sinh doanh thu tính thuế nên phải kê khai nộp thuế, nếu chậm nộp thuế phải chịu phạt nộp chậm theo quy định.

Linh Nhung