Đến thời điểm trung tuần tháng 6, các địa phương cơ bản đã thu hoạch xong lúa xuân. Diện tích gieo cấy vụ xuân toàn tỉnh đạt 17.238 ha tăng gần 500 ha so với năm 2008. Đây cũng là vụ được đánh giá thuận lợi về thời tiết nên năng suất trung bình toàn tỉnh ước đạt 50,3tạ/ ha. Tổng sản lượng lúa xuân năm 2009 ước đạt 86.800 tấn, tăng 4.000 tấn so với năm 2008. Có được kết quả đó là do các huyện vùng cao như: Trạm Tấu, Mù Cang Chải, Văn Yên, Yên Bình đã tích cực chỉ đạo tăng vụ và mở rộng diện tích lấn hồ.

Cơ cấu giống của vụ đông xuân tiếp tục ổn định giữa lúa lai và lúa chất lượng cao. Trong đó, lúa lai đạt 12.300 ha, chiếm 71% với giống lúa chủ lực là Nhị Ưu 838. Một số huyện đã đưa vào gieo cấy một số giống lúa lai chất lượng cao là Nhị Ưu 69  ở thị xã Nghĩa Lộ, Thục Hưng 6 ở Lục Yên. Diện tích lúa thuần đạt 4.955 ha chiếm tỷ lệ 29%, với các giống: HT1, Chiêm Hương, Khang Dân 18 đột biến.

Vụ xuân 2009, Văn Yên tiếp tục đưa giống lúa thuần TH10 vào thử nghiệm, năng suất bước đầu ước đạt trên 63 tạ/ha. Theo đánh giá của cơ quan chuyên môn và cảm nhận của người dân thì đây là một giống lúa cho chất lượng cao, thời gian sinh trưởng ngắn, thuận lợi cho các vùng sản xuất 3 vụ trong năm.

Bên cạnh đó, các địa phương đã chú trọng đầu tư thâm canh và ứng dụng các tiến bộ kỹ thuật canh tác vào sản xuất. Trên 85% diện tích mạ vùng thấp và 100% diện tích mạ vùng cao áp dụng kỹ thuật mạ dày xúc hoặc mạ khay có mái che nilon, do đó không có hiện tượng mạ bị chết rét. Diện tích áp dụng thâm canh lúa cải tiến (dự án bón phân viên nén dúi sâu-FDP và chương trình SRI)) đã được mở rộng trên 1.500 ha. Riêng dự án sử dụng phân viên nén dúi sâu đã có trên 8.350 hộ tham gia với diện tích 870 ha.

Việc áp dụng các biện pháp thâm canh lúa cải tiến đã giảm khoảng 35-40% chi phí giống, thuốc bảo vệ thực vật, phân bón và năng suất dự kiến tăng 10-15%.

Anh Dũng