Chùa Ngọc Am xưa thuộc tổng Bách Lẫm, huyện Trấn Yên, phủ Quy Hóa, tỉnh Hưng Hóa; nay thuộc phường Hồng Hà, thành phố Yên Bái. Lịch sử của chùa ghi lại: Cuối triều Nguyễn (cuối thể kỷ 19 đầu thế kỷ 20), một số nhà buôn và chủ thuyền vận tải đường sông người Việt ở Kẻ Chợ (Hà Nội), Hưng Hóa, Bạch Hà và một số thương nhan Hoa Kiều trú tại Hà Nội, rồi cả phu thuyền quê ở Mông Tự, Mạn Hảo - Hà Khẩu (Trung Quốc) chở hàng lên Yên Bái, Lào Cai hoặc ngược lại đưa hàng xuôi Hà Nội qua đây, họ cắm sào dừng chân trên bãi đất ven sông này để cầu bình an, và đã góp tiền dựng ngôi Am này.

Dù chỉ là một Am nhỏ bên sông nhưng đây là nơi hành đạo của đông đảo tăng ni phât tử. Chính hai vị sư trụ trì của chùa là Thích Thanh Hạc và Thích Đàm Phúc đã tham gia Mặt trận Việt Minh, ủy ban Liên Việt và Uỷ ban Mặt trận Tổ quốc tỉnh Yên Bái.

Cùng với thời gian, trải qua những biến cố thăng trầm của đất nước,  năm 2003, chùa được tôn tạo, mở rộng và xây dựng lại khang trang theo lối kiến trúc dân gian với cổng Tam quan, lầu Quan Âm, nhà tu lễ và đền thờ.

Là ngôi chùa lớn ở tỉnh Yên Bái, đến với chùa Ngọc Am mỗi dịp đầu xuân du khách sẽ được biết thêm nhiều nghi thức gắn với đó các ngày lễ, ngày giỗ tổ riêng. Ngày giỗ tổ của chùa được tổ chức vào ngày mùng 7 tháng giêng để tưởng nhớ vị sư ông Thích Thanh Hạc và sư bà Thích Đàm Phúc đã có công xây dựng và trụ trì chùa. Cũng như nhiều ngôi chùa khác, chùa Am còn có các tiết lễ khác như ngày Phật đảm mùng 8 tháng 4 âm lịch; lễ Vu Lan với nghi lễ đi thuyền trên sông thả hoa đăng rằm tháng 7.

 Với khuôn viên rộng gần 2000m2, chùa gồm 3 khu: chính giữa là 3 ban thờ cung Tam Bảo, ban Đức Ông và ban Đức Thánh Trần; kế bên là nhà thờ Tổ và phía dưới là nhà thờ Mẫu. Nét trang nghiêm, tôn kính hòa quyện với vẻ đẹp của thiên nhiên càng làm tôn thêm vẻ đẹp thanh tịnh của ngôi chùa.

Hai tiết lễ sinh động đó là lễ chay đàn cầu siêu, chủ yếu là để xá tội vong nhân cho các tư gia và chúng sinh trước bàn thờ Phật; ngày tết Độc lập 2/9 của dân tộc và chính sách ân xá của Đảng, Nhà nước. Hai là lễ chèo thuyền về Tây Trúc với ý niệm thả thuyền cầu mong cho người quá cố được bình an nơi cõi Niết bàn...

Chùa Ngọc Am với nét tôn kính trang nghiêm sẽ là điểm dừng chân không thể thiếu của mỗi du khách thập phương mỗi dịp đầu xuân.

Thanh Tân