Những lần khai quật tiếp theo, được tiến hành tại khu di tích chùa tháp Bến Lăn. Khu vực khai quật trải rộng trên một diện tích khoảng trên 5000 m2. Trong mặt bằng khai quật này đã phác lộ toàn bộ dấu tích của một ngôi chùa. Khối lượng hiện vật thu được vô cùng phong phú bao gồm: gạch ngói, đồ sành sứ, tượng Phật, tượng thú, chân tảng, dấu tích lò nung, tiền cổ, một số hiện vật kim khí khác, tháp, tường đá bao quanh chùa...

Sau đợt khai quật thứ tư, Hội Khoa học lịch sử Việt Nam tiến hành hội thảo khoa học lịch sử đối với di tích. Tham gia hội thảo gồm những chuyên gia đầu ngành của Việt Nam thuộc các lĩnh vực: khảo cổ học, mỹ thuật, dân tộc học, tôn giáo, kiến trúc...Nhưng khác với những lần hội thảo trước, sau khi khai quật xong di tích chùa tháp Hắc Y, rất nhiều ý kiến mới chỉ dừng lại ở các giả thuyết khoa học, còn lần này nhờ vào những gì phát hiện được kết hợp với các nguồn sử liệu khác, các nhà khoa học đã đưa ra được những thông tin khoa học mới và chính xác hơn về những giá trị lịch sử, văn hoá ở khu di tích Hắc Y-Đại Cại.

Đầu rồng tìm thấy tại Khu di tích hắc Y - Đại Cại, được cho rằng có nét giống với tượng thủy quái Macara của người Chăm.

Giáo sư sử học Phan Huy Lê-Chủ tịch Hội Sử học Việt Nam sau khi tìm hiểu các hiện vật được khai quật, đi điền dã tại khu di tích và vùng phụ cận, đã cho rằng, những cái tên như: chùa tháp Hắc Y, chùa tháp Bến Lăn, chùa Hang Úc, chùa Xão ở Lục Yên cùng với hàng loạt các chùa đã nằm trong lòng hồ Thác Bà là cơ sở để khẳng định đây là một trung tâm Phật giáo ở vùng phía bắc của nước Đại Việt xưa. Trên địa hình khu vực Lục Yên hiện còn nhiều cây cổ thụ, giáo sư Phan Huy Lê cho rằng, nhiều thế kỷ trước vùng này rất hoang sơ và rậm rạp. Vì vậy, không gian văn hoá chỉ có thể phát triển mạnh theo lưu vực sông Chảy tạo nên nét đặc thù của vùng văn hoá sông Chảy.

Giáo sư, tiến sỹ Tống Trung Tín-Viện Khảo cổ học Việt Nam là người đã từng khai quật và nghiên cứu nhiều về kiến trúc thời Trần, nhất là những kiến trúc về tôn giáo, tín ngưỡng, đã khẳng định, những đặc trưng trong kiến trúc chùa Trần ở đây có khá nhiều nét khác biệt với những chùa tháp Trần ở miền xuôi. Sự khác biệt ấy thể hiện ở đặc thù của nguồn vật liệu kiến trúc cơ bản được sản xuất tại chỗ. Hoa văn, phù điêu, loại hình vật liệu trong kiến trúc chùa tháp đa dạng hơn và đã được các nghệ sỹ dân gian phóng tác năng động hơn cho phù hợp với đặc trưng ở miền biên viễn này...

Giáo sư Cao Xuân Phổ-một chuyên gia về mỹ thuật cổ cho rằng, kiến trúc chùa tháp ở khu di tích Hắc Y-Đại Cại có nhiều nét tuyệt mỹ. Nét mỹ thuật trong kiến trúc chùa Trần mang nhiều ảnh hưởng của văn hoá Chăm. Điều đó thể hiện ở hình dáng các lá đề trang trí trên tháp hay việc xuất hiện nhiều tượng và phù điêu chim thần Garuda. Tượng rồng ở đây cũng có nét giống với hình tượng thuỷ quái Macara của người Chăm. Thậm chí, giáo sư Phổ còn nhận thấy có cả những nét hoa văn mang ảnh hưởng của đạo Giáo từ Trung Quốc.

Sự có mặt của giáo sư Nguyễn Duy Hinh và ông Tăng Bá Hoành-Chủ tịch Hội Sử học tỉnh Hải Dương là hai người giỏi về Hán tự đã giúp đỡ dịch được bức minh văn bằng đất nung gắn trên tường tháp của chùa tháp Bến Lăn. Qua bức minh văn này đã xác định được tên của ngôi chùa là "Thượng Miện tự". Người xây dựng ngôi chùa là ông Hoàng Lục Thiện, xây vào năm ông Thiện 45 tuổi (1362) và chùa có 45 ngọn tháp nhưng hiện nay mới khai quật được 12 tháp.

Nhiều ý kiến cho rằng, dựa trên những gì khai quật được và các nguồn sử liệu hiện có còn cho thấy rất rõ những thông tin có liên quan đến vai trò của Chiêu Văn Vương Trần Nhật Duật-người được triều đình giao cho việc trấn thủ miền biên viễn phía bắc nước Đại Việt. Trần Nhật Duật là người rất tài giỏi về: ngoại ngữ, kiến trúc, hội họa, quân sự, ngoại giao, lễ tục và ngôn ngữ tộc người, và nhất là việc ông rất thân thiện với người Chăm... Việc người dân địa phương bỏ tiền của ra xây chùa, cũng chứng tỏ tài năng của ông trong việc thu phục các thổ tù miền núi cùng tham gia bảo vệ miền biên ải. Đồng thời, sự xuất hiện nhiều chùa tháp ở đây cũng cho thấy bối cảnh xã hội thời kỳ ấy thanh bình. Ảnh hưởng của Phật giáo đối vùng miền núi, dân tộc là khá sớm và yếu tố tín ngưỡng cũng đã tham gia tích cực vào xây dựng khối đoàn kết trong xây dựng và bảo vệ đất nước.

Hoàng Nhâm